根據《財政部關於企業收到政府撥給的搬遷補償款有關財務處理問題的通知》（財企[2005]123號）之規定：

1、企業收到政府撥給的搬遷補償款，作為專項應付款核算。搬遷補償款存款利息，一併轉增專項應付款。　

2、企業在搬遷和重建過程中發生的損失或費用，區分以下財政部檔案情況進行處理:(一)因搬遷出售、報廢或毀損的固定資產，作為固定資產清理業務核算，其淨損失核銷專項應付款；(二)機器裝置因拆卸、運輸、重新安裝、除錯等原因發生的費用，直接核銷專項應付款；(三)企業因搬遷而滅失的、原已作為資產單獨入賬的土地使用權，直接核銷專項應付款；(四)用於安置職工的費用支出，直接核銷專項應付款。

3、企業搬遷結束後，專項應付款如有餘額，作調增資本公積金處理，由此增加的資本公積金由全體股東共享；專項應付款如有不足，應計入當期損益。企業收到的政府撥給的搬遷補償款的總額及搬遷結束後計入資本公積金或當期損益的金額應當單獨披露。

此外，對於搬遷發生的財產損失，應該報相應級別的稅務機關批准（具體取決於各地規定），才能准予稅前扣除。　

擴充套件資料

拆遷補償的方式可以實行貨幣補償，也可以實行房屋產權調換。

除城市房屋拆遷管理條例第二十五條第二款、第二十七條第二款規定的外，被拆遷人可以選擇拆遷補償方式。

貨幣補償

貨幣補償的金額，根據被拆遷房屋的區位、用途、建築面積等因素，以房地產市場評估價格確定。具體辦法由省、自治區、直轄市人民政府制定。

產權調換

實行房屋產權調換的，拆遷人與被拆遷人應當依照城市房屋拆遷管理條例第二十四條的規定，計算被拆遷房屋的補償金額和所調換房屋的價格，結清產權調換的差價。

拆遷非公益事業房屋的附屬物，不作產權調換，由拆遷人給予貨幣補償