首先，由於凍幹食品的吸溼性和易氧化性，因此，凍幹終了時最好使用乾燥 氮氣（或二氧化碳等惰性氣體）使乾燥室恢復常壓；通常的做法是使用操作間的乾燥潔淨的空氣來恢復凍幹機乾燥室的常壓，凍幹食品取出後，應立刻在乾燥潔淨的操作間進行包裝密封。　　凍幹食品應儲存在密閉容器內，包裝材料應不透氣、不透光，故一般不用透明包裝材料。由於凍幹食品易碎，故應採用能防止產品發生機械性損傷的包裝材料，如金屬罐、玻璃瓶等。此外，運輸時應防止機械振動，以保護固體物料的形狀。另外，可以使用瓦楞紙、褶皺塑膠或泡沫塑膠等吸震材料，或添充氮氣密封包裝，以增加抗震能力。　　金屬罐成本高，但如果產品要長期儲存，則應使用金屬罐。也可以使用玻璃容器，如果能使其密封，則效果不亞於金屬罐。但玻璃瓶重且透光，故實際生產中，建議凍幹食品少採用玻璃瓶，即使採用也儘量使用透光不強的棕色瓶等。　　當今鋁箔複合袋已取代金屬和玻璃容器廣泛用於凍幹食品的包裝。從價格和重量方面看，鋁箔複合袋是最理想的包裝材料。另外請注意，單層的塑膠薄膜由於其高度的透氣性和高透光率，使其不適合於當作凍幹食品的包裝材料。但由於塑膠薄膜價格低廉、易熱封，鋁箔能遮蔽光輻射、不透氣，因此鋁箔複合袋是目前比較理想的凍幹食品包裝材料。 因此，凍幹食品由於其含有脂及脂溶性成分，而且容易氧化，所以無論採用何種包裝材料，一定要把包裝袋中的空氣抽掉或充惰性氣體進行密封包裝，儘可能地降低包裝袋中的氧含量。 凍幹食品的堆積密度較小，如果直接包裝，所佔體積相對較大，因此對於一些外形無要求的凍幹食品，我們可以採取壓縮包裝的方法，以降低其體積。採用液壓技術可以將產品壓縮到原有體積的十六分之一，同時高密度的塊狀產品對昆蟲的侵襲具有一定的抵抗力。但是要注意的是，壓縮後的凍幹食品雖然顏色、營養不變，但其外形完全破壞、有的覆水。　　總之，凍幹食品的儲存環節歸納起來要求做到以下幾點：　　1）採用避光、避輻射、不透氣的包裝材料進行密閉封裝，儘可能的抽真空包裝或充惰性氣體包裝。　　2）防止強氧化劑的汙染，特別是銅、鐵的汙染。　　3）防震防壓以免凍乾製品的破碎。　　4）儲存溫度越低越好，最好低於20℃。