甲乙土地流轉遇到國家徵用，補償款需要根據土地的所有權、承包權、經營權歸屬，依據流轉協商規定，合理界定權屬各方利益，妥善分配。

徵用土地補償分地上地下兩部分，即青苗補償和土地補償，根據中國土地政策和相關規定，土地所有權屬於集體，因此土地補償應當歸集體；甲方是首輪承包人，因徵用失地後集體應當調整相同面積和質量的土地給甲方，補償甲方失去的生產資料，並繼續給乙方經營，直至流轉期滿；乙方獲得青苗補償，並繼續在集體調整給甲方的土地開展經營活動，直至流轉期滿。

但在現實中集體往往不能調整相同面積的土地給甲方，通常將土地補償一次性補償給甲方，集體也不再調整補充土地給甲方，而乙方可以獲得青苗補償，以及甲方返還的流轉土地剩餘年份的土地承包金（指一次性支付土地承包金），或者按照流轉協議條款規定，甲乙雙方自行協商解決剩餘流轉年份的承包金或補償問題。

無論採取哪種方案分配補償，國家徵用土地是國家建設需要，任何單位和個人都要大力支援，本著互諒互讓的原則，妥善處置好利益分配，支援國家建設。

這個問題是看合同怎麼填的，一般正常情況是土地所有權持有人的，乙方只能領取地上附著物的補償。持有人所土地徵用款。

我進行土地流轉時拿到政府的統一合同，合同裡明確規定，土地所有權者的所有補償歸村委會，實際操作上給了農戶，因為村委會拿了就要另外調整土地給農戶，這樣操作很複雜，土地附作物及由此產生的補償歸經營者，也就是經營者流轉土地後所栽的、種的、養的、修的、建的這些由經營者投入了的補償部分歸經營者，還有經營性損失補償歸經營者，沒有經營權補償，所有合同都標明遇國家建設徵收土地本合同自行終止，雙方不承擔責任。理論上經營者流轉土地後沒實際經營就算每年支付流轉費拿不到多少補償。

根據《農村土地承包法》和《物權法》相關條文之規定，甲的土地承包關係仍然與集體存在，甲有權在自己的承包期內，依法流轉給第三方，但是，流轉期限不能超過甲本人的承包期，在乙經營期間，如果土地被國家徵用，屬於甲無法抗拒的因素，因此，土地補償費應該歸土地所有權人——集體。但是，農村土地二輪延包，甲依法取得土地確權後的承包權，那麼集體就應該調足甲原先承包的土地面積，如果集體無法調給甲原先承包的面積，那麼集體就只能將這筆土地補償費給予甲，土地上的附屬物——青苗損失費，按法律規定應該歸乙所有。