美國憲法規定，總統是武裝部隊的總司令，全軍最高統帥。總統透過國防部領導和指揮全軍，緊急情況下可越級指揮。戰略核力量不論何時都由總統指揮控制。　　國家安全委員會是最高防務決策諮詢機構。其法定成員包括總統、副總統、國務卿和國防部長。參謀長聯席會議主席是其法定軍事顧問，中央情報局局長是其法定情報顧問。該委員會日常工作由總統國家安全事務助理(顧問)負責。　　國防部是總統領導與指揮美國武裝力量的最高軍事機關，負責防務政策、計劃的制定和實施，以及全國防務管理，並透過參謀長聯席會議對全軍實施作戰指揮。它由國防部本部系統、軍事部系統和作戰指揮系統三部分組成。　　國防部本部系統主要負責政策、財政、軍務等全軍性事務，以及各軍事部間的協調。下設政策、採購與技術、人事與戰備、審計與財務、指揮通訊控制與情報、立法、後勤事務、情報監督、行政管理、公共事務、監察、作戰試驗與評估等部門，分別由副國防部長、助理國防部長、主任、局長或部門長等主管。　　軍事部系統包括陸軍部、空軍部和海軍部3個軍事部(軍種部)。各軍事部負責本軍種的行政管理、教育訓練、武器裝備研製和採購及後勤保障等事務，並有責任在戰時向各聯合作戰司令部提供作戰部隊及相應的勤務和後勤支援，但無作戰指揮權。軍事部長為文官，在其下設軍種參謀長(海軍為作戰部長)。軍種參謀長(海軍作戰部長)是本軍種最高軍事長官。　　作戰指揮系統指參謀長聯席會議(以下簡稱“參聯會”)及隸屬於它的各聯合司令部、特種司令部。參聯會既是總統、國防部長、國家安全委員會的軍事諮詢機構，也是總統和國防部長向聯合司令部和特種司令部發布作戰命令的軍事指揮機關。從某種意義上講，國防部是總統的軍政部門，而參聯會是總統的軍令部門。　　參聯會成員包括主席和三大軍種參謀長(海軍為作戰部長)。參聯會主席是美軍最高軍事長官，是總統和國防部長的首席軍事顧問。參聯會下設聯合參謀部和國家軍事指揮中心，負責處理日常事務和作戰指揮業務。美軍設九大聯合司令部，它們是直屬國防部的美軍高階作戰指揮機構。美三軍部隊除執行特別勤務者外，均編入某一聯合司令部。一旦發生重大緊急情況，各聯合司令部即可對編入本司令部的部隊實施作戰指揮。　　2012年九大聯合司令部含五個地區司令部，即歐洲總部、太平洋總部、大西洋總部(已於1999年10月改組為聯合部隊司令部)、南方總部和中央總部；四個職能司令部，即航天司令部、特種作戰司令部、運輸司令部和戰略司令部。必要時，也可根據總統指示將其他聯合司令部的部隊臨時劃歸處於緊急情況的聯合司令部指揮。