第一部，威震天來到地球尋找方塊，他想靠方塊把地球上的機器變成他的部下，然後回去重建並統治賽博坦星球，汽車人意識到那樣會讓地球人面臨巨大災難（想想地球上所有機器都沒了，人類豈不回到原始社會了，還要被狂派摧殘），於是汽車人出面阻止威震天，最後以威震天的死亡和方塊的毀滅宣告結束。

第二部，威震天的老大出面了，先利用沒有完全毀滅的方塊碎片來救活威震天，然後他們想找到能量矩陣來啟動金字塔裡的大機器摧毀太陽，並將太陽的能量帶回賽博坦星球重建它並統治它（意圖沒變，至於怎麼把能量帶回去，那就要找第三部裡的御天敵了），汽車人再次意識到地球人面臨災難（沒了太陽肯定玩完），於是再次出面阻止，打鬥中擎天柱犧牲，但是Sam率先找到能量矩陣，並利用他救活擎天柱，最後以金字塔裡的大機器被毀而告終，這次主要角色沒有犧牲（墮落金剛不算主要人物其實也是打醬油的）。至於什麼方塊的能量到了Sam的大腦裡那個情節，純粹是給小Sam一點醬油打打

第三部，威震天依然想重建並統治賽博坦星球，但是他們沒辦法了，於是想到了幾十年前的御天敵，御天敵可以把賽博坦星球拉到地球旁邊，然後直接抓地球人過去幹活（這是最餿的注意），可是他們沒有辦法啟用御天敵，於是把這重任交給了汽車人，辦法就是透過老早就與霸天虎合作的幾個地球人來引導汽車人去啟動御天敵（柱子哥真的很笨），結果汽車人啟用御天敵不久後發現他是“壞人”，於是再次開幹，可是這次霸天虎人多勢眾，又有強大的御天敵坐鎮，汽車人不敵，差點全軍覆沒，最後被女主角離間計才扭轉敗局，並把威震天和御天敵全部殺死，變形金剛三部曲宣告終結。

故事其實很連貫，有些地方電影表達的可能有點生硬，那都無所謂，應為這本來是給觀眾體驗震撼的視聽的，情節敘述倒是其次的。