內部控制審計和財務報表審計之間存在多方面的共同點，例如： （一）兩者的終極目的一致。

雖然各有側重，但終極目的都是提高財務報表預期使用者對財務報表的信賴程度。

（二）兩者都採用風險導向審計方法。

註冊會計師首先實施風險評估程式，識別和評估財務報表重大錯報風險（包括由於舞弊導致的重大錯報風險），在此基礎上，針對評估的重大錯報風險，透過設計和實施恰當的應對措施，獲取充分、適當的審計證據。

（三）兩者運用的重要性水平相同。

註冊會計師在財務報表審計中運用重要性水平，旨在計劃和執行財務報表審計工作，評價識別出的錯報對審計的影響以及未更正錯報對財務報表和審計意見的影響，以對財務報表整體是否不存在重大錯報獲取合理保證；註冊會計師在內部控制審計中運用重要性水平，旨在計劃和執行內部控制審計工作，評價識別出的內部控制缺陷單獨或組合起來是否構成內部控制重大缺陷，以對被審計單位是否在所有重大方面保持了有效的內部控制獲取合理保證。

由於內部控制的目標是合理保證財務報告及相關資訊的真實、完整，因此對於同一財務報表，在兩種審計中運用的重要性水平應當相同。

（四）兩者識別的重要賬戶、列報及其相關認定相同。

註冊會計師在識別重要賬戶、列報及其相關認定時應當評價的重大錯報風險因素對於內部控制審計和財務報表審計而言是相同的，因此對於同一財務報表，在兩種審計中識別的重要賬戶、列報及其相關認定應當相同。

（五）兩者瞭解和測試內部控制設計和執行有效性的基本方法相同，都可能實施詢問、觀察、檢查以及重新執行等程式。