一、 審計計劃不合理。組織部門在離任審的基礎上又開始委託大量的任中審，既有監督關口前移的良好效果，但也產生了審計力量不足疲於應付的弊端。

二、離任審計效果不佳。因事過境遷，離任對審計不重視，採取漠然和不配合狀況時有發生，而新接任的校長，為了捋清責任，往往又窮追不捨，甚至落進下石，大小問題無限上綱上線。 而對涉及小金庫等小團體利益的財務又更口不提，不願提供帳外資料，審計人員限於工作環境的限制，工作難於深入開展。組織部門大多將審計報告存檔了事。

三、審計範圍過寬。由於各級各類領導幹部經濟職責界限不清，導致審計範圍過寬或過窄，經常出現一些問題看得見、抓不實，更難落實到人的情況，只要沒有個人利益關聯，基本不承擔實質性責任。存在問責難問題。

四、審計結果與幹部選拔任用未能有效掛鉤。近幾年來，經濟責任審計查出被審計領導幹部所在單位違規問題、損失浪費主要集中在決策程式違規、決策失誤；在產業結構調整、環境保護、土地保護等方面執行政策不到位；隱瞞轉移收入、擠佔挪用資金；地方性債務規模較大、預警和風險控制機制不健全等方面。此外，個別領導幹部存在以權謀私、失職瀆職、貪汙受賄、侵吞國有資產等個人經濟問題。但把審計結果作為選人用人的重要依據尚未實現有效掛鉤，審計報告在用人方面往往只是參考性檔案。

五、審計評價難。存在審計評價超出審計的內容和範圍、審計評價的證據不充分、審計評價的指標不統一、審計評價的責任難以界定、審計評價的質量不高的問題。