手自一體變速箱在結構上和傳統的自動擋變速箱並沒有什麼區別，不過在程式上它加入了一套手動控制程式，這也賦予了駕駛者更高的控制權和自主權，因此當我們在行駛過程中將檔位從自動擋切換到手動擋的時候，變速箱的檔位會保持不變。

舉個例子，如果你開的是一臺6AT車型，此時正在以120公里每小時的速度行駛在高速公路上，那麼此時你的變速箱的檔位會在6擋上，不過現在多數車型在自動擋的時候並不能顯示檔位，而在手動擋的時候卻可以顯示檔位，因此如果你對車輛不是非常熟悉的話，在自動擋的時候你可能並不清楚在幾檔，此時如果你將檔位切換到手動擋的話，那麼你會發現車輛會顯示“M6”，這個時候其實變速箱的檔位並沒有發生任何變化，只不過從此刻開始你可以人為干預變速箱的活動，例如如果此時你想要超車的話，你可以手動降1擋或者2擋從而獲得更好的動力，這樣的人工變檔會比自動擋反應來得快些。

不過我們需要注意的是，即便是我們已經切換到了手動擋上，我們也無法對變速箱取得完全的控制權，這一點和手動變速箱是不同的，在傳統的手動擋車型上，即便你的轉速錶已經到了紅線，只要你不換擋變速箱也是沒有辦法自我換擋的，而在手自一體車型上，由於保護程式的存在，所以我們幾乎是沒有機會把發動機轉速拉到紅區的，甚至有很多車型即便是在手動擋上也會根據行駛情況自動升降檔，這樣的手自一體車型老實說和純自動擋車型並沒有太多區別。

那麼我們有必要使用手自一體車型的手動擋功能嗎？老實說，現在搭載手自一體變速箱的車型越來越多，甚至還有相當一部分車型配備了更方便手動換擋的換擋撥片，然而對於絕大多數駕駛者來說，在開習慣了自動擋車型之後，我們對於換擋時機的把握其實並不是準確的，甚至要比變速箱的程式還要差，因此手自一體車型的手動擋功能在絕大多數情況下都是沒用的。

更何況，即便你很習慣於開手動擋車型，或者想更多的體驗駕駛樂趣，那手自一體車型也不能很好的滿足你，變速箱保護程式的存在是不可能讓你“為所欲為”的，對於手自一體車型來說，其手動擋唯一有用的時候恐怕就是在高速上你想超車的時候了，當然，即便是這幾乎唯一的使用場景，其實也遠遠不是必須的，因此對多數消費者來說，手自一體變速箱不過是一個“噱頭”而已。