美國海軍的建制是繁雜但並不混亂，作為世界上最強大的軍隊尤其最強大的海軍，美國海軍位居世界第一。眾所周知，美國是三權分立。但軍事權力始終屬於美國美國總統，美國海軍歸於美國總統指揮下。出於美國文官領導軍事的體制，美國海軍的最高行政長官是海軍部長。根據美國規定，美國海軍部長隸屬於美國國防部，由總統任命。是國防部長下的一個職務。和陸軍部長空軍部長級別職權是一樣的，美國海軍部長負責美國海軍部事務，海軍作戰部長和海軍陸戰隊司令對海軍部長負責。現任美國海軍部長是斯賓塞。2017年上任。作為美國海軍部長，必須是文職，從軍隊退役5年以上的將領才有資格擔任。

美國海軍是美國六大軍種之一，美國海軍由海軍和海軍陸戰隊兩個獨立的軍種組成，互不隸屬互不干涉。下設海軍部長辦公室、海軍作戰部、海軍陸戰隊總部。海軍總兵力大約50萬，下設美國海軍有七大艦隊，各類戰艦280艘，十一艘航空母艦。4000餘架飛機。美國海軍是世界上最強大，最先進的海軍。是排名世界第二到第九海軍實力的總和。

美國海軍下設還有6個海軍作戰司令部。太平洋艦隊司令部，海軍南方司令部，海軍歐洲司令部，海軍中央司令部，海軍網路司令部。海軍北方司令部，七大艦隊歸屬於各個司令部。第3、7艦隊隸屬太平洋艦隊司令部、第4艦隊隸屬海軍南方司令部、第5艦隊隸屬海軍中央司令部、第6艦隊隸屬海軍歐洲司令部。各個艦隊級別都是一樣的，各負其責各管一個區域。美國海軍按戰區作戰區域劃分，分為太平洋總部-太平洋艦隊、聯合部隊總部-大西洋艦隊、歐洲總部-歐洲海軍司令部、中央總部-中央海軍司令部。

美國海軍作戰部長是美國最高現役海軍軍官，他是當然參謀長聯席會議成員之一。與美國陸軍參謀長級別一樣。在軍事指揮上，受參謀長聯席會議領導。現任海軍作戰部長是約翰·理查德森四星上將。