129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件★ 130 競技場無差別脅迫事件（前篇） 131 競技場無差別脅迫事件（後篇） 135 消失的兇器搜尋事件◆ 136 青色古堡探索事件（前篇） 137 青色古堡探索事件（後篇） 138 最後上映的殺人事件（前篇） 139 最後上映的殺人事件（後篇） 140 SOS！步美傳達的訊息 146 本廳刑事戀愛物語（前篇） 147 本廳刑事戀愛物語（後篇） 156 本廳刑事戀愛物語2（前篇） 157 本廳刑事戀愛物語2（後篇） 165 少年偵探團消失事件◆ 2000年 174 二十年後的殺機 聖佛尼號連續殺人事件★ 176 與黑暗組織的再會（灰原篇） 177 與黑暗組織的再會（柯南篇） 178 與黑暗組織的再會（解決篇） 182 九道門大搜索◆ 188 危命的復活 洞窟中的偵探團 189 危命的復活 負傷的名偵探 190 危命的復活 第三種選擇 191 危命的復活 黑衣騎士 192 危命的復活 新一回來了 193 危命的復活 約定的場所 194 意味深長的八音盒（前篇） 205 本廳刑事戀愛物語3（前篇） 206 本廳刑事戀愛物語3（後篇） 212 蘑菇、熊和偵探隊（前篇） 213 蘑菇、熊和偵探隊（後篇） 2001年 223 人魚又再度哭泣（推理篇） 225 生意興隆的秘密◆ 230 謎一樣的乘客（前篇） 231 謎一樣的乘客（後篇） 233 無法消失的證據（前篇） 234 無法消失的證據（後篇） 242 元太少年的災難 246 陷入網中的謎團（前篇） 247 陷入網中的謎團（後篇） 258 來自芝加哥的男人（前篇） 259 來自芝加哥的男人（後篇） 2002年 266 情人節的真相（事件篇） 269 犯罪的紀念品（前篇） 270 犯罪的紀念品（後篇） 276 警察手冊遺失事件 277 英語教師VS西部名偵探（前篇） 279 迷宮的陰暗（前篇） 280 迷宮的陰暗（後篇） 289 迷途森林的光彥（前篇） 290 迷途森林的光彥（後篇） 294 愛與決心的粉碎（前篇）◆ 295 愛與決心的粉碎（後篇）◆ 301 惡意與聖者的行進（前篇） 302 惡意與聖者的行進（後篇） 2003年 304 震動的警視廳 1200萬人質★ 309 與黑暗組織接觸（交涉篇） 310 與黑暗組織接觸（追擊篇）