由於潛艇的高度隱蔽性，能夠對航空母艦編隊構成較為嚴重的威脅。因此，在現代化航空母艦作戰中，僅此於編隊防空的就是編隊反潛，航空母艦的編隊反潛主要包括：遠距離大範圍的反潛巡邏、對潛作戰；中近距離的反潛巡邏和對潛作戰；航空母艦編隊近區的對潛警戒和對潛作戰。
以美國海軍為例，其航空母艦打擊群建立了從空中、水面、水下，涵蓋了遠、中、近程的反潛作戰體系：
空中，以岸基反潛巡邏機承擔遠端反潛作戰任務，艦載反潛直升機承擔中近程反潛作戰任務；
水面，以巡洋艦、驅逐艦等為主承擔近程反潛作戰任務；
水下，以攻擊型核動力潛艇承擔中遠端反潛作戰任務，反潛型無人水下潛航器承擔對潛探測、監視和偵察任務。
從外圍（遠端）向中心（航空母艦打擊群近區），反潛作戰力量部署愈加嚴密和增強，對潛探測和攻擊手段也愈加多樣化，而且在面對較為嚴重的敵潛艇威脅情況下，美國海軍還將進一步強化中遠端反潛作戰兵力的數量和質量。
從具體的部署來看，遠端反潛區是航空母艦打擊群最外層的對潛防禦區域，通常是距離航空母艦打擊群中心點80-200海里的圓形區域，最外線由P-3C/P-8A岸基反潛巡邏機承擔，根據敵潛艇威脅程度的大小，不間斷的展開檢查式或者應召式搜潛作業，依靠光電、雷達等手段搜尋水面航行狀態、半潛狀態、潛望鏡或者通氣管狀態的敵潛艇，壓制或者驅逐敵潛艇，使其無法對航空母艦打擊群建立方位航路；此外，還將根據敵潛艇可能的威脅方位，在距離航空母艦打擊群中心點（或者其他指定點）80-130海里、130-180海里距離上，在指定的相對航空母艦打擊群中心點20-65度、90-125度扇形區域內分別部署1-2艘攻擊型核動力潛艇（“海狼”級、“弗吉尼亞”級、“洛杉磯”級）建立各自的遊獵區域，以2-3節低速在某一陣位進行被動偵聽，隨後以20節快速轉移至下一陣位繼續進行被動偵聽，如此反覆，覆蓋各自的遊獵區域。
中程反潛區域是距離航空母艦打擊群中心點20-80海里的圓形區域，主要由各型艦載反潛直升機、巡洋艦、驅逐艦等承擔對潛警戒和反潛作戰任務。通常情況下，在航空母艦打擊群的中程反潛區域內有3-4艘巡洋艦、驅逐艦使用拖曳式聲吶進行對潛警戒，如果敵潛艇威脅較為嚴重，還將有攻擊型核動力潛艇進行支援。一旦發現疑似敵潛艇接觸，就會立即向打擊群內所有反潛兵力進行通報，分批出動艦載反潛直升機（每批2-3架，倒三角隊形），使用吊放聲吶或者聲吶浮標，進一步精密標定敵潛艇位置和掌握其運動要素，適時展開攻潛作戰（以美國海軍現役的“海鷹”系列艦載反潛直升機為例， 其最大飛行速度可以滿足到達中程反潛區域內任意點的所需時間不超過6分鐘，而敵潛艇即使以水下20節航速運動，距離疑似接觸點的最大距離也不超過2海里，很難逃脫）。
由於潛艇的高度隱蔽性，能夠對航空母艦編隊構成較為嚴重的威脅。因此，在現代化航空母艦作戰中，僅此於編隊防空的就是編隊反潛，航空母艦的編隊反潛主要包括：遠距離大範圍的反潛巡邏、對潛作戰；中近距離的反潛巡邏和對潛作戰；航空母艦編隊近區的對潛警戒和對潛作戰。
以美國海軍為例，其航空母艦打擊群建立了從空中、水面、水下，涵蓋了遠、中、近程的反潛作戰體系：
空中，以岸基反潛巡邏機承擔遠端反潛作戰任務，艦載反潛直升機承擔中近程反潛作戰任務；
水面，以巡洋艦、驅逐艦等為主承擔近程反潛作戰任務；
水下，以攻擊型核動力潛艇承擔中遠端反潛作戰任務，反潛型無人水下潛航器承擔對潛探測、監視和偵察任務。
從外圍（遠端）向中心（航空母艦打擊群近區），反潛作戰力量部署愈加嚴密和增強，對潛探測和攻擊手段也愈加多樣化，而且在面對較為嚴重的敵潛艇威脅情況下，美國海軍還將進一步強化中遠端反潛作戰兵力的數量和質量。
從具體的部署來看，遠端反潛區是航空母艦打擊群最外層的對潛防禦區域，通常是距離航空母艦打擊群中心點80-200海里的圓形區域，最外線由P-3C/P-8A岸基反潛巡邏機承擔，根據敵潛艇威脅程度的大小，不間斷的展開檢查式或者應召式搜潛作業，依靠光電、雷達等手段搜尋水面航行狀態、半潛狀態、潛望鏡或者通氣管狀態的敵潛艇，壓制或者驅逐敵潛艇，使其無法對航空母艦打擊群建立方位航路；此外，還將根據敵潛艇可能的威脅方位，在距離航空母艦打擊群中心點（或者其他指定點）80-130海里、130-180海里距離上，在指定的相對航空母艦打擊群中心點20-65度、90-125度扇形區域內分別部署1-2艘攻擊型核動力潛艇（“海狼”級、“弗吉尼亞”級、“洛杉磯”級）建立各自的遊獵區域，以2-3節低速在某一陣位進行被動偵聽，隨後以20節快速轉移至下一陣位繼續進行被動偵聽，如此反覆，覆蓋各自的遊獵區域。
中程反潛區域是距離航空母艦打擊群中心點20-80海里的圓形區域，主要由各型艦載反潛直升機、巡洋艦、驅逐艦等承擔對潛警戒和反潛作戰任務。通常情況下，在航空母艦打擊群的中程反潛區域內有3-4艘巡洋艦、驅逐艦使用拖曳式聲吶進行對潛警戒，如果敵潛艇威脅較為嚴重，還將有攻擊型核動力潛艇進行支援。一旦發現疑似敵潛艇接觸，就會立即向打擊群內所有反潛兵力進行通報，分批出動艦載反潛直升機（每批2-3架，倒三角隊形），使用吊放聲吶或者聲吶浮標，進一步精密標定敵潛艇位置和掌握其運動要素，適時展開攻潛作戰（以美國海軍現役的“海鷹”系列艦載反潛直升機為例， 其最大飛行速度可以滿足到達中程反潛區域內任意點的所需時間不超過6分鐘，而敵潛艇即使以水下20節航速運動，距離疑似接觸點的最大距離也不超過2海里，很難逃脫）。