1．分類鑑定 不同細菌的芽孢具有不同的特點，從形狀、大小、表面特徵，直到與菌體的關係等都有不同的表現，因此可以作為分類鑑定的依據或參考。 2．科研材料 由於芽孢獨特的產生方式，成為研究形態發生和遺傳控制的好材料。 3．儲存菌種 芽孢對不良環境有很強的抵抗力，可以保持生命力達數十年之久，在自然界使細菌度過惡劣的環境，在實驗室是儲存菌種的好材料。 4．分離菌種 芽孢的耐熱性有助於芽孢細菌的分離。將含菌懸浮液進行熱處理，殺死所有營養細胞，可以篩選出形成芽孢的細菌種類。 5．生物殺蟲 有些芽孢細菌在產生芽孢的同時，可以產生一種雙錐形的結晶內含物，稱為伴孢晶體，這是一種蛋白質毒素，可以殺死某些昆蟲（特別是鱗翅目）的幼蟲。蛋白質晶體的毒性是有高度專性的，對其他動物與植物完全沒有毒性。因此，它們便成為一種理想的生物殺蟲劑，這種殺蟲劑的生產，並不需將蛋白質分離出來，只需培養大量細菌，在其形成芽孢併產生晶體時收穫、乾燥，做成粉劑即可。 6.研究芽孢的意義研究細菌芽孢有著重要的理論和實踐意義。①芽孢的有無、形態、大小和著生位置等是細菌分類和鑑定中的重要形態學指標；②這類菌種芽孢的存在，有利於提高菌種的篩選效率，有利於菌種的長期保藏；③是否能殺滅一些代表菌的芽孢是衡量和制定各種消毒滅菌標準的主要依據；④許多產芽孢細菌是強致病菌。例如，炭疽芽孢桿菌、肉毒梭菌和破傷風梭菌等；⑤有些產芽孢細菌可伴隨產生有用的產物，如抗生素短桿菌肽、桿菌肽等。