醚菌酯用於蘋果樹預防及治療黑星病，炭疽病，白粉病是不可或缺的藥劑。

醚菌酯噴在蘋果葉片心後，其作用方式是透過氣態擴散，阻止真菌性病害病原菌孢子萌發和拓展。

由於其具有很強的滲透性和親酯性，因此藥劑在蘋果樹葉片的粘附性很強，經得起雨水沖刷，一般在果樹幼葉期不用新增展著劑，如有機矽。相反，新增展著劑以後反而會出現"燒葉"症狀。

在使用上，為提高醚菌酯的效果，一般情況下復配使用的情況比較多。如與苯醚甲環唑，丙環唑，啶菌酯等不同藥劑復配使用。

復配使用的目的在於除延緩醚菌酯的互動抗性外，更多的是擴大復配藥劑治療病害的範圍，畢竟果園的不同病害並不單一存在，復配使用除可以減少勞動強度，節省成本開支，減少用藥次數外，最關鍵的是防治效果要比單劑的要好。

與其他藥劑復配使用時，百分之五十醚菌酯的使用濃度為五千至七千倍液。也是在作預防病害時取低濃度七千倍液，在作治療病害時取高濃度五千倍液。七至十四天間隔使用一次，視田間的病害發展情況決定具體的用藥次數，一般情況下最多連續兩次用藥基本上都可以控制病害延展。

另外，還有一種"嘧菌酯"與醚菌酯同音，很多使用者容易混淆一頭霧水。其實，這個嘧菌酯是預防及治療霜黴病的特效藥劑，尤其在葡萄上運用較多，要注意區別開來，不能混為一談。