等位基因會跟著同源染色體分離而分離，同源染色體上肯定有等位基因.因為兩條同源染色體一條來自父方,一條來自母方,兩條染色體不可能在每一個基因座上所有基因都有相同序列.所以等位基因必然存在。同源染色體的非姐妹染色單體上攜帶著這控制一對相對性狀的等位基因為基因的分離及基因自由組合提供了物質基礎.所以等位基因也一定會分離,而且是在第一次減數分裂後期進行的。　　等位基因（allele又作allelomorph）一般指位於一對同源染色體的相同位置上控制著相對性狀的一對基因。它可能出現在染色體某特定座位上的兩個或多個基因中的一個。若一個座位上的基因以兩個以上的狀態存在，便稱為復等位基因。若成對的等位基因中兩個成員完全相同，則該個體對此性狀來說成為純合子。若兩個等位基因各不相同，則該個體對該性狀來說是雜合子。在雜合子配對中，顯性等位基因使隱性等位基因的性狀得不到表現。某些成對基因的兩個成員為共顯性的，即彼此間沒有顯性和隱性的關係。例如人類的ABO血型系統：AB血型的人有一個等位基因決定A，一個等位基因決定B（既無A又無B等位基因的人的血型為O型）。參閱dominance及recessiveness。多數性狀由兩個以上的等位基因決定。可存在著多樣形式的等位基因，但減數分裂時只有兩個等位基因附著於一定的基因座位上。有些性狀由兩個或多個基因座位決定。以上兩種情況均使有關的等位基因數目增加。所有遺傳性狀均為等位基因相互作用的結果。突變、交叉及環境條件選擇性地改變種群內部的表現型（也就相當於其等位基因）的頻率。　　以上來自《大英百科全書中文版》allele等位基因條。國內個別教材上D和D，d和d不是等位基因的說法是錯誤的。錯誤在於，沒有理解所謂等位基因是多個基因中的一個，而是從中文字面上望文生義，想當然的認為只有兩個基因，才能相互之間叫做等位基因，所以才會有D和D是不是等位基因的問題。而且更進一步認為，只有D和d才能相互之間叫做等位基因，這就更不對了。（注：國內高中課本必修二課本將等位基因定義為：控制一對相對性狀的基因。而由於D與D不是控制一對相對性狀的基因所以不能稱作等位基因.）　　在一個個體裡，某個基因的基因型是由該基因所擁有的一組等位基因所決定。例如，二倍體生物，也就是每條染色體都有兩套的生物，兩個等位基因決定了該基因的基因型。　　位於一對同源染色體的相同位置上控制某一性狀的不同形態的基因。不同的等位基因產生例如髮色或血型等遺傳特徵的變化。靠等位基因控制相對性狀的顯隱性關係及遺傳效應，可將等位基因區分為不同的類別。在個體中，等位基因的某個形式（顯性的）可以比其他形式（隱性的）表達得多。