菌液測序結果怎麼比對知道是正確的
測序結果的分析
測序都是從5"端進行的，正向和反向測序是指對DNA的兩條互補鏈分別測序，通常兩個方向測序結果經校讀後完全一致才能認為得到可靠結果。生工測序結果一般都提供兩個文件，一個是TEXT的序列文件，一個是用Chromas軟體開啟的ABI文件。
1.尋找引物
比對，去除引物序列，找到目的片段。
在DNAMan上進行比對，看引物能不能比對上（一個不變，一個反向互補），如果比不上，那可能就不是你要的序列，如果能比上，上游以引物第一個為分界線，去除前面的；下有一最後一個為分界線，去除後面的，剩下的就是目的序列。然後在NCBI上Blast.就OK了。
批註：PCR產物進行測序的結果可能不包含引物序列
2.將找到的對應目的片段轉成*.txt格式
3.下載BioEdit軟體
第一：開啟Bioedit軟體，匯入拼接好的樣品序列與標準亞型參考序列
File New Alignment Sequence New Sequence 匯入拼接好的樣品序列和標準參考序列（從TEXT文件利用複製貼上工具） Apply and close 儲存結果 關閉視窗
File Open Accessory Application Clustalw Multiple Alignment
選擇需要編輯的序列 Sequence Edit Sequence 進行序列的編輯 儲存修改後結果
第五：將比對後的序列儲存為Fasta 格式文件
4.下載MAGE4.0軟體
1) 開啟MEGA軟體，選擇 File 選單欄中的 Convert To MEGA Format ，把序列檔案的格式轉換為meg文件儲存；
3) 程式執行中詢問是否為蛋白編碼序列，選擇 NO ；
4) 在MEGA操作介面選擇 Phylogeny 選單欄下 Bootstrap Test of Phylogeny 中的 Neibour-Joining ；
5) 選擇 Test of Phylogeny 欄中的 Bootsrap ， Replications 設定為1 000；在 Options Summary 欄中的 Model 項中，設定引數為 Kimura 2-Paramete r，最後選擇 Compute ；
6) 將分析結果採用Los Alamos HIV序列庫提供的HIV-BLAST和Subtyping工具進行驗證。
菌液測序結果怎麼比對知道是正確的
測序結果的分析
測序都是從5"端進行的，正向和反向測序是指對DNA的兩條互補鏈分別測序，通常兩個方向測序結果經校讀後完全一致才能認為得到可靠結果。生工測序結果一般都提供兩個文件，一個是TEXT的序列文件，一個是用Chromas軟體開啟的ABI文件。
1.尋找引物
比對，去除引物序列，找到目的片段。
在DNAMan上進行比對，看引物能不能比對上（一個不變，一個反向互補），如果比不上，那可能就不是你要的序列，如果能比上，上游以引物第一個為分界線，去除前面的；下有一最後一個為分界線，去除後面的，剩下的就是目的序列。然後在NCBI上Blast.就OK了。
批註：PCR產物進行測序的結果可能不包含引物序列
2.將找到的對應目的片段轉成*.txt格式
3.下載BioEdit軟體
第一：開啟Bioedit軟體，匯入拼接好的樣品序列與標準亞型參考序列
File New Alignment Sequence New Sequence 匯入拼接好的樣品序列和標準參考序列（從TEXT文件利用複製貼上工具） Apply and close 儲存結果 關閉視窗
File Open Accessory Application Clustalw Multiple Alignment
選擇需要編輯的序列 Sequence Edit Sequence 進行序列的編輯 儲存修改後結果
第五：將比對後的序列儲存為Fasta 格式文件
4.下載MAGE4.0軟體
1) 開啟MEGA軟體，選擇 File 選單欄中的 Convert To MEGA Format ，把序列檔案的格式轉換為meg文件儲存；
3) 程式執行中詢問是否為蛋白編碼序列，選擇 NO ；
4) 在MEGA操作介面選擇 Phylogeny 選單欄下 Bootstrap Test of Phylogeny 中的 Neibour-Joining ；
5) 選擇 Test of Phylogeny 欄中的 Bootsrap ， Replications 設定為1 000；在 Options Summary 欄中的 Model 項中，設定引數為 Kimura 2-Paramete r，最後選擇 Compute ；
6) 將分析結果採用Los Alamos HIV序列庫提供的HIV-BLAST和Subtyping工具進行驗證。