區別很多四衝程發動機曲軸每轉兩週，活塞上、下兩次完成一個作功迴圈，兩衝程發動機曲軸每旋轉一週，活塞上下一次即完成一個作功迴圈。四衝程有獨立的配氣機構，透過凸輪軸、正時鏈條或氣門頂杆，來控制氣門的開啟和關閉，比較精密，進排氣系統完善，所以比較省油。兩衝程發動機透過活塞在上行和下行的過程中，在不同的階段開啟和關閉位於缸體上的進氣口、排氣口和掃氣口來控制進排氣，會造成浪廢。所以四衝程車同排量的比兩衝程省油，兩衝程車由於有油未經燃燒就排了出去，所以比較費油且汙染大。四衝程發動機由於結構複雜，所以體積和重量相對較大，價格也貴，兩衝程發動機結構簡單，體積小，價格也便宜些。四衝程發動機靠機油泵和曲軸的慣性飛濺潤滑整個發動機，兩衝程發動機內的機油只潤滑變速機構，氣缸、活塞和曲軸等依靠單獨的機油箱透過機油泵或手工，把機油混合到汽油內一齊燃燒，同時達到潤滑相關部位的目的，所以兩衝程發動機會冒藍煙，而四衝程發動機正常下不冒煙。同等條件下，兩衝程發動機轉速更高，氣缸部位熱量更大，所以它的散熱片也做的更大些。兩衝程動機噪音和震動較大，四衝程發動機噪音和震動較低。四衝程發動機更先進，廣泛應用於各類以燃油為動力的機械上，兩衝程發動機越來越少，只應用於小型機動車的動力如專用賽道車型和一些小型的通用發動機（如油鋸、割草機等）。