有催化功能的蛋白質也就是酶，它們的結構上必須有催化活性區域和底物結合域。兩者缺一不可。無催化功能的蛋白無特殊的結構域或只有與對應分子結合的區域，無催化功能區。所有蛋白的其它區域都是維持特殊空間結構以保障功能區的正常功能完成。

蛋白質是地球上生物體中的必要組成成分，參與了細胞生命活動的每一個程序。

有催化功能的蛋白質稱為“酶”，它是最常見的一類蛋白質，它們催化生物化學反應，尤其對於生物體的代謝至關重要。

在這類具有催化活性的酶的蛋白質三級結構中，一般可見兩個東西，一是它的反應活性中心，也就是它和被催化的底物（substrate）相結合反應的空間。另一個則是在這些蛋白質中一般會有它們相對應要反應的底物專屬的通道，這些通道的空間就像一個隧道一樣，專屬於特定的底物，只有它們過的去。也才能塑造出各種酶對特定底物的反應選擇專一性。

除了酶這種類的蛋白質之外，還有許多結構性或機械性蛋白質，如肌肉中的肌動蛋白和肌球蛋白，以及細胞骨架中的微管蛋白（參與形成細胞內的支撐網路以維持細胞外形）。另外一些蛋白質則參與細胞訊號傳導、免疫反應、細胞黏附和細胞週期調控等。這些蛋白一般來說在三級結構中就是另一種方式存在，專為了它們各自負責的功能而組成其結構，就不具有像酶那樣的“反應口袋”了。