它相似由2層UASB反應器串聯而成。按功能劃分，反應器由下而上共分為5個區：混合區、第1厭氧區、第2厭氧區、沉澱區和氣液分離區。

混合區：反應器底部進水、顆粒汙泥和氣液分離區迴流的泥水混合物有效地在此區混合。

第1厭氧區：混合區形成的泥水混合物進入該區，在高濃度汙泥作用下，大部分有機物轉化為沼氣。混合液上升流和沼氣的劇烈擾動使該反應區內汙泥呈膨脹和流化狀態，加強了泥水錶面接觸，汙泥由此而保持著高的活性。隨著沼氣產量的增多，一部分泥水混合物被沼氣提升至頂部的氣液分離區。

氣液分離區：被提升的混合物中的沼氣在此與泥水分離並匯出處理系統，泥水混合物則沿著迴流管返回到最下端的混合區，與反應器底部的汙泥和進水充分混合，實現了混合液的內部迴圈。

第2厭氧區：經第1厭氧區處理後的廢水，除一部分被沼氣提升外，其餘的都透過三相分離器進入第2厭氧區。該區汙泥濃度較低，且廢水中大部分有機物已在第1厭氧區被降解，因此沼氣產生量較少。沼氣透過沼氣管匯入氣液分離區，對第2厭氧區的擾動很小，這為汙泥的停留提供了有利條件。

沉澱區：第2厭氧區的泥水混合物在沉澱區進行固液分離，上清液由出水管排走，沉澱的顆粒汙泥返回第2厭氧區汙泥床。

從IC反應器工作原理中可見，反應器透過2層三相分離器來實現SRT>HRT，獲得高汙泥濃度；透過大量沼氣和內迴圈的劇烈擾動，使泥水充分接觸，獲得良好的傳質效果。