提取糞便DNA可以直接用糞便DNA提取試劑盒，使用步驟：
使用前請先在漂洗液中加入無水乙醇，加入體積請參照瓶體上的標籤。所有離心步驟均為使用臺式離心機在室溫下離心。
1、稱取糞便樣本 0.1-0.5g，在液氮中充分研磨成細粉末，加入 450ul 溶液 A 震盪混勻。* 也可直接稱取樣本 0.1-0.5g 於離心管(建議使用 2ml 圓底管)，加入 450ul 溶液 A 劇烈震盪混勻1-2min 至沒有固體塊。 使用液氮研磨效果最佳。
2、加入 50ul 溶液 B 充分顛倒混勻( 不要劇烈震盪)，65℃水浴 6min，每 2min 充分顛倒混勻一次。
3、加入 100ul 溶液 C 充分顛倒混勻( 不要劇烈震盪)，12000 rpm 離心 10min 。
4、將上清轉移到新的離心管，12000rpm 離心 2min 。
5、在吸附柱中加入 200ul 溶液 D ，將離心後的上清加入到帶有溶液 D 的吸附柱中，用移液器吹吸幾次混勻，12000 rpm 離心 1min。
6、將收集管中的濾出液混勻後重新吸入吸附柱( 必須)，12000 rpm 離心 1min。
7、倒掉收集管中的廢液，在吸附柱中加入漂洗液 500ul，12000 rpm 離心 1min。
8、倒掉收集管中的廢液，重複步驟 7 兩次(共漂洗三次)。
9、倒掉收集管中的廢液，將吸附柱放回收集管，12000 rpm 離心 2min 。
10、拿出吸附柱在室溫乾燥數分鐘( 因季節及氣候等因素不等)，或 50℃乾燥 1min。
11、將吸附柱放入一個新的離心管中，加入 50-100ul 洗脫液(65 ℃預熱)，12000 rpm 離心 1min。12、將離心管中的液體重新加入到吸附柱中，12000 rpm 離心 1min。離心管中即為糞便微生物 DNA 溶液。
注意事項：
1、新鮮的糞便樣本會得到更高的產率，不同樣本在取樣前應先查閱相應的最佳儲存條件。
2、若溶液中出現渾濁可在 37℃水浴中溶解片刻至清澈，不會影響結果。
3、在需要吸取上清液的步驟中應避免吸到沉澱，否則會堵塞吸附柱，並影響產物純度。
4、洗脫緩衝液的體積最好不少於 50ul ，體積過小會影響回收效率；建議使用試劑盒附帶的洗脫緩衝液，用水洗脫也會損失部分產物；DNA 應儲存在-20 ℃避免反覆凍融，以防降解。
5、 液體試劑避免接觸面板，若意外接觸應立即使用大量清水沖洗。
提取糞便DNA可以直接用糞便DNA提取試劑盒，使用步驟：
使用前請先在漂洗液中加入無水乙醇，加入體積請參照瓶體上的標籤。所有離心步驟均為使用臺式離心機在室溫下離心。
1、稱取糞便樣本 0.1-0.5g，在液氮中充分研磨成細粉末，加入 450ul 溶液 A 震盪混勻。* 也可直接稱取樣本 0.1-0.5g 於離心管(建議使用 2ml 圓底管)，加入 450ul 溶液 A 劇烈震盪混勻1-2min 至沒有固體塊。 使用液氮研磨效果最佳。
2、加入 50ul 溶液 B 充分顛倒混勻( 不要劇烈震盪)，65℃水浴 6min，每 2min 充分顛倒混勻一次。
3、加入 100ul 溶液 C 充分顛倒混勻( 不要劇烈震盪)，12000 rpm 離心 10min 。
4、將上清轉移到新的離心管，12000rpm 離心 2min 。
5、在吸附柱中加入 200ul 溶液 D ，將離心後的上清加入到帶有溶液 D 的吸附柱中，用移液器吹吸幾次混勻，12000 rpm 離心 1min。
6、將收集管中的濾出液混勻後重新吸入吸附柱( 必須)，12000 rpm 離心 1min。
7、倒掉收集管中的廢液，在吸附柱中加入漂洗液 500ul，12000 rpm 離心 1min。
8、倒掉收集管中的廢液，重複步驟 7 兩次(共漂洗三次)。
9、倒掉收集管中的廢液，將吸附柱放回收集管，12000 rpm 離心 2min 。
10、拿出吸附柱在室溫乾燥數分鐘( 因季節及氣候等因素不等)，或 50℃乾燥 1min。
11、將吸附柱放入一個新的離心管中，加入 50-100ul 洗脫液(65 ℃預熱)，12000 rpm 離心 1min。12、將離心管中的液體重新加入到吸附柱中，12000 rpm 離心 1min。離心管中即為糞便微生物 DNA 溶液。
注意事項：
1、新鮮的糞便樣本會得到更高的產率，不同樣本在取樣前應先查閱相應的最佳儲存條件。
2、若溶液中出現渾濁可在 37℃水浴中溶解片刻至清澈，不會影響結果。
3、在需要吸取上清液的步驟中應避免吸到沉澱，否則會堵塞吸附柱，並影響產物純度。
4、洗脫緩衝液的體積最好不少於 50ul ，體積過小會影響回收效率；建議使用試劑盒附帶的洗脫緩衝液，用水洗脫也會損失部分產物；DNA 應儲存在-20 ℃避免反覆凍融，以防降解。
5、 液體試劑避免接觸面板，若意外接觸應立即使用大量清水沖洗。