這個問題請看（智慧設計論）和（生物合成論），生物是由眾多元素、生物分子、微生物，按照智慧設計論來進行合成的。

性別分化的基礎是減數分裂。雖然原核生物也有廣義上的雌雄之分，但那並不是真正的性別。當兩個細胞合而為一，它的遺傳物質會變成2倍，如果再合而為一，就變成4倍，這樣不久細胞就會不堪重負。減數分裂讓細胞的遺傳物質變成原來的一半，這樣就可以形成一個融合-分裂-融合-分裂的迴圈，於是就有了交配。

最初的配子只有一種，是不分雌雄的，大家都一樣，甚至配子自己也能生活，比如酵母那樣，大多數時候是單倍體，合子形式的二倍體反而少見。

後來才有了異配，配子有大有小，直到出現卵式生殖——雌配子很大，而雄配子很小且一般會運動。這一分工提高了交配的效率，卵細胞可以儲存大量的營養，而精子可以產生很多個。這種高效給產生複雜的多細胞生物提供了基礎。

但這也還只是生殖細胞的雌雄分化，而不是生物體的雌雄分化。直到現在，植物還大多是雌雄同株的，一個植株機能產生卵細胞也能產生精子。動物中雌雄同體的也很常見，比如蚯蚓和蝸牛。

而雌雄異體或雌雄異株則是一個個體只產生一種配子，要麼精子，要麼卵子。由於我們哺乳動物都是雌雄異體的，我們覺得雌雄異體是主流，其實放眼生物界倒也未必，同體和異體很難說哪一種有絕對的優勢，一切不過是適者生存的產物。當一個物種的雌雄配子分開產生，也就有了雌雄的分化，其實這並不神秘。性別也不是穩定的，有些動物可以在雌雄之間轉換性別，比如黃鱔。

感謝相邀，我覺得性別的起源也是自然選擇的結果。在生物進化的初期，生物是不分性別的，無論是動物還是植物，都無雌性和雄性之分，就是現在，比較低等的植物比如藻類植物、苔蘚植物、蕨類植物，依然沒性別之分，產生的生殖細胞孢子，也是沒雌性生殖細胞和雄性生殖細胞的分化，動物也是這樣，有些低等的無脊椎動物，就沒雌性、雄性的區別，比如原生動物，多空動物，有雌雄分化的動物個別的還有雌雄同體的狀況。生殖方式動物裡也存在無性生殖比如刺細胞的無性世代能進行的無性生殖 形式出芽生殖，即使有性生殖的動物，有時候也會出現一種特殊現象——雌性完全不需要依靠雄性參與，也可以自己生下正常的後代，這就是所謂的孤雌生殖。

動物界的昆蟲是孤雌生殖最多的動物門類，我們熟知的蚜蟲就擁有這個能力：在夏天植物繁茂的時候，雌性蚜蟲就透過孤雌生殖大量的產下後代，而這些後代也都是雌性。但是到了冬季，蚜蟲又會迴歸到兩性生殖的方式。除了蚜蟲之外，蜜蜂、竹節蟲也是常見的擁有孤雌生殖能力的昆蟲。而更為高階的脊椎動物裡，孤雌生殖也時有發現，許多魚類、兩棲類、爬行類甚至鳥類和哺乳類動物都可進行孤雌生殖。比如兩棲類的蛙和蠑螈、爬行動物裡的蜥蜴和蛇都可進行孤雌生殖。一些魚類中的泥鰍、部分鯊魚；都可以在人工養殖環境下孤雌生殖、一些鳥類比如鴿子，雞和火雞也在人工飼養環境下進行孤雌生殖。就是哺乳動物雖然在野生條件下午孤雌生殖的記錄，但在實驗室中，上世紀三十年代就實現了兔子的孤雌生殖，到了現代，也實現了小白鼠的孤雌生殖。

那生物既然在開始多無性別之分，為何後來出現了性別分化？這是因為在生物長期的進化過程中，性別的出現是自然選擇的結果。在無性別的生物進化過程中，由於生物大量過度繁殖，子代的數目突增，在這些眾多的子代中，有些子代的遺傳物質就會發生變異，這些產生變異的子代有的子代的某一染色體上突變出現了決定雄性性別的基因，這個子代就會表現出相對其他子代較為勇猛，生命力較強的雄性性狀，有的子代的某一染色體上突變出現了決定雌性性別的基因，它就會表現出某些雌性性狀，（當然這時它們只是表現出一小部分雌雄性性狀。）如果這兩個具有新變異的個體結合，它們產生的子代由於具有父母雙方的遺傳物質，所以比無性生殖產出的子代更能適應惡劣的環境，所以它們生存下來並能夠繁殖後代的機率更高。它們的後代又產生了新的決定雌雄性性狀的變異基因，它們的後代的雌雄性性狀更為明顯，對環境的適應性更強，所以生存繁衍下來的機率更加增大；而那些沒有出現決定性別的基因的子代，由於它們一直進行的是無性生殖，它們及它們的後代體內細胞遺傳物質基因較少，適應外界環境能力較差，一旦環境惡化，它們就會不能適應而滅絕（當然最出現了決定性別的基因的個體由於它們的子代中可能產生了不利適應環境的變異或者沒有具有新的決定性別的基因產生，它們這樣的子代在惡劣的環境下也會滅絕）。這樣經過幾千萬年長期進化，這類生物分化出的雌雄性性狀越來越明顯，它們適應環境能力越來越強，所以雌性和雄性就出現了。