目前流傳下來的水滸傳，以三個版本為主，即一百二十回本、一百回本、七十回本，這是三個水滸的主流版本。不那麼主流的版本，也有幾個，如一百一十五回本、一百二十四回本、七十一回本，主要是前三個版本的變種。三個主流版本各有看點，一百二十回本，故事性最完整，適合初讀；一百回本一般認為是施耐庵的版本，即使改動也沒做太大的改變。除了接近原版外，李卓吾先生的評論也是一大看點；七十回本純是金聖嘆個人意志版本，主要是將後三十回徹底刪去，而增加了盧俊義的一個惡夢做結。 從名稱上看，一百二十回本名為《忠義水滸全書》，一百回本名《忠義水滸傳》，七十回本名為《水滸傳》，回數越來越少，名稱也越來越簡單。不管版本與名稱，隨著這本書在民間的流傳越來越廣泛，讀者也就不那麼關心是否忠義，而更多地關心好漢們的命運，忠義水滸全書逐漸地被統稱為“水滸”。

另外一個重要的改動是添加了大量的點評。在金聖嘆之前，對水滸的點評上，李摯（卓吾）做得是相當出色而極具神采的。不過，在金聖嘆看來，卓吾翁做的工作遠遠不夠。於是，金聖嘆在李卓吾的基礎上，加了眉批、夾註、尾批，有時候一條批往往上百言，誇張的甚至上千言。對於心儀的幾個大英雄，如林沖、魯智深、武松，金聖嘆更是從來不惜筆墨。也因此，中國文學的批評方式，到金聖嘆這裡至少在形式上得到發揚光大。