電泳法分離混合蛋白質的基本原理是根據蛋白質的電荷不同即酸鹼性質不同分離蛋白質混合物的方法。

電泳：在外電場的作用下，帶點顆粒將向著與其電性相反的電極移動，這種現象稱為電泳。電泳技術可用於氨基酸、肽、蛋白質和核苷酸等生物分子的分析分離和製備。 區帶電泳是由於在支援物上電泳蛋白質混合物被分離為若干區帶。 電泳前用緩衝液浸潤薄膜或濾紙等支援物或用緩衝液直接配置成凝膠，將待分離的蛋白質樣品加在它的一端或中央，支援物的兩端與電極連線，通電電泳。電泳完畢，各個組分分佈在不同的區域，用顯色劑（蛋白質可用考馬斯亮藍或氨基黑等染色）顯色後可以顯示出各個組分。 氨基酸混合物特別是寡聚核苷酸混合物一次電泳往往不能完全分開。這種情況可以將第一次電泳分開的斑點透過支援介質間的接觸印跡轉移到第二個支援介質上，旋轉90°，進行第二次電泳。這種方法稱為雙向電泳。 聚丙烯醯胺凝膠電泳：以聚丙烯醯胺凝膠為支援物，一般製成凝膠柱或凝膠板，凝膠是由相連的兩部分組成（小的部分是濃縮膠，大的部分為分離膠），這兩部分凝膠的濃度、緩衝液組分和離子強度、pH以及電場強度都是不同的，即不連續性。電泳時樣品首先在不連續的兩相間積聚濃縮而成很薄的起始區帶，然後再進行電泳分離。電泳有三種物理效應：1、樣品的濃度效應；2、凝膠對被分離分子的篩選效應；3、一般電泳分離的電荷效應。毛細管電泳：高效毛細管電泳、毛細管區帶電泳、自由溶液毛細管電泳、毛細管電泳，可分離氨基酸、肽、蛋白質、DNA片段和核酸以及多種小分子，也可用於手性化合物的分離。 等點聚焦（IEF）分離蛋白質混合物是在具有pH梯度的介質（如濃蔗糖溶液）中進行。在外電場作用下各種蛋白質將移向並聚焦在等於其等電點的梯度處，並形成一個很窄的區帶。 pH梯度製作一般利用兩性電解質，它是脂肪族多胺和多羧類的同系物，它們具有相近但不相同的解離常數和等電點。在外電場作用下，自然形成pH梯度。 層析聚焦：根據蛋白質的等電點差異分離蛋白質混合物的柱層析方法。