由於不同型別的新藥所具有的創新程度各不相同，其研究內容和階段劃分也就無法整齊劃一。 這裡以創新程度最高的新化學實體(rleW chemical entities，NcEs)為例，將新藥研究開發分為三個階段：第一個階段是新活性成分的發現與篩選；第二個階段是新藥的臨床前研究；第三個階段是新藥的臨床研究。每一個研究階段的研究內容、目的、物件和側重點各不相同。
任何一種新化學實體(N(；Es)，必須經過活性成分的發現與篩選以初步確定其潛在的醫療價值，再透過充分的臨床前研究以決定其是否值得進行以人體為試驗物件的臨床研究，透過嚴格可靠的臨床研究以決定該新化合物是否能夠作為一種安全有效的藥品上市銷售。
1．新活性成分的發現與篩選新藥研究開發的第一個階段是新活性成分的發現與篩選。透過計算機藥物分子設計或透過植物、動物、礦物、微生物、海洋生物等多種途徑獲取新的化學物質，並將這些物質在特定的藥理模型上進行篩選評價，以發現具有新穎結構型別和顯著藥理活性的先導化合物。在發現先導化合物後，經過處理得到一系列與先導化合物結構類似的物質，進行定量構效關係研究，以最佳化化合物的治療指數，從中選擇最佳化合物作為新化學實體。
2．臨床前研究與IND為申請藥品註冊而進行的藥物臨床前研究，包括藥物合成工藝、提取方法、理化性質及純度、劑型選擇、處方篩選、製備工藝、檢驗方法、質量指標、穩定性、藥理、毒理、藥代動力學等。中藥製劑還包括原藥材的來源、加工及炮製等，生物製品還包括菌毒種、細胞株、生物組織等起始材料的來源，質量標準，儲存條件，生物學特徵，遺傳穩定性及免疫學研究等。一般而言，新藥臨床前研究包括以下三個方面。
(1)文獻研究透過充分的文獻研究以保證研究計劃的創新性，避免勞而無功的重複性研究。
(2)藥學研究包括侯選藥物的合成工藝、提取方法、理化性質及純度、劑型選擇、處方篩選、製備工藝、檢驗方法、質量指標、穩定性考察等。中藥製劑包括原藥材的來源、加工及炮製等；生物製品包括菌毒種、細胞株、生物組織等起始材料的質量標準、儲存條件、遺傳穩定陛的研究等。
(3)藥理毒理學研究包括藥效學研究、作用機制研究、藥代動力學研究，還包括一般藥理學、急性毒性、長期毒性及特殊毒理研究等。研究的目的是系統評價新的候選藥物，確定其是否符合進入人體臨床試驗的要求。這一階段藥物在國外統稱為“申請作為臨床研究用新藥”(Investigational．New Dmg，IND)。
3．臨床研究與“新藥的申請” 臨床研究是決定候選藥物能否成為新藥上市銷售的關鍵階段，這一階段的候選藥物在國外稱為“新藥的申請”(rfew dmg application，NDA)。
藥物臨床試驗是指任何在人體(病人或健康志願者)進行的藥物系統性研究，以證實或揭示試驗藥物的作用、不良反應及(或)試驗藥物的吸收、分佈、代謝和排洩，以確定試驗藥物的療效與安全I生。
臨床研究必須經國家藥品監督管理部門批准後實施，並嚴格執行《藥物臨床試驗質量管理規範》(GcP)的規定。臨床研究在臨床前研究的基礎上，經過嚴密的試驗設計，按隨機盲法對照的原則進行試驗，考察藥物對人體的療效(有效性)與毒副作用(安全性)，並繼續進行相應的藥理、毒理等方面的研究工作，以最終決定候選藥物能否作為新藥上市。
一般臨床試驗分為I、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期。新藥在批准上市前，申請新藥註冊應當進行I、Ⅱ、Ⅲ期臨床試驗。在某些特殊情況下，經批准也可僅進行Ⅱ期、Ⅲ期臨床試驗或僅進行Ⅲ期臨床試驗。各期臨床試驗的目的和主要內容如下。
(1)I期臨床試驗是初步的臨床藥理學及人體安全陛評價試驗。觀察人體對於藥物的耐受程度和藥代動力學，為制定給藥方案提供依據。病例數為20～30例。
(2)Ⅱ期臨床試驗是治療作用初步評價階段。其目的是初步評價該藥物對目標適應症患者的治療作用和安全性，也包括為Ⅲ期臨床試驗研究給藥劑量方案的確定提供依據。此階段的研究設計可以根據具體的研究目的，採用多種形式，包括隨機盲法對照臨床試驗。病例數≥100例。
(3)Ⅲ期臨床試驗是治療作用確證階段。其目的是進一步驗證該藥物對目標適應症患者的治療作用和安全性，評價利益與風險關係，最終為新藥註冊申請提供充分的依據。試驗一般應為具有足夠樣本量的隨機盲法對照試驗。病例數>1300例。
(4)Ⅳ期臨床試驗是新藥上市後的研究階段。其目的是考察在廣泛使用條件下，藥物的療效和不良反應，評價藥品在普通或特殊人群中使用的利益與風險關係以及是否改進給藥劑量等。病例組數I>2000例。
藥物臨床試驗的受試例數應當符合臨床試驗的目的和相關統計學的要求，並且不得少於《藥品註冊管理辦法》附件所規定的最低臨床試驗病例數。不同註冊分類的藥品對臨床試驗的要求各不相同。罕見病等某些特殊病種，難以完成規定病例數的，可以向國家藥品監督管理部門申請減少臨床試驗病例數或者申請免做臨床試驗，國家藥品監督管理部門根據具體情況作出審批決定。
由於不同型別的新藥所具有的創新程度各不相同，其研究內容和階段劃分也就無法整齊劃一。 這裡以創新程度最高的新化學實體(rleW chemical entities，NcEs)為例，將新藥研究開發分為三個階段：第一個階段是新活性成分的發現與篩選；第二個階段是新藥的臨床前研究；第三個階段是新藥的臨床研究。每一個研究階段的研究內容、目的、物件和側重點各不相同。
任何一種新化學實體(N(；Es)，必須經過活性成分的發現與篩選以初步確定其潛在的醫療價值，再透過充分的臨床前研究以決定其是否值得進行以人體為試驗物件的臨床研究，透過嚴格可靠的臨床研究以決定該新化合物是否能夠作為一種安全有效的藥品上市銷售。
1．新活性成分的發現與篩選新藥研究開發的第一個階段是新活性成分的發現與篩選。透過計算機藥物分子設計或透過植物、動物、礦物、微生物、海洋生物等多種途徑獲取新的化學物質，並將這些物質在特定的藥理模型上進行篩選評價，以發現具有新穎結構型別和顯著藥理活性的先導化合物。在發現先導化合物後，經過處理得到一系列與先導化合物結構類似的物質，進行定量構效關係研究，以最佳化化合物的治療指數，從中選擇最佳化合物作為新化學實體。
2．臨床前研究與IND為申請藥品註冊而進行的藥物臨床前研究，包括藥物合成工藝、提取方法、理化性質及純度、劑型選擇、處方篩選、製備工藝、檢驗方法、質量指標、穩定性、藥理、毒理、藥代動力學等。中藥製劑還包括原藥材的來源、加工及炮製等，生物製品還包括菌毒種、細胞株、生物組織等起始材料的來源，質量標準，儲存條件，生物學特徵，遺傳穩定性及免疫學研究等。一般而言，新藥臨床前研究包括以下三個方面。
(1)文獻研究透過充分的文獻研究以保證研究計劃的創新性，避免勞而無功的重複性研究。
(2)藥學研究包括侯選藥物的合成工藝、提取方法、理化性質及純度、劑型選擇、處方篩選、製備工藝、檢驗方法、質量指標、穩定性考察等。中藥製劑包括原藥材的來源、加工及炮製等；生物製品包括菌毒種、細胞株、生物組織等起始材料的質量標準、儲存條件、遺傳穩定陛的研究等。
(3)藥理毒理學研究包括藥效學研究、作用機制研究、藥代動力學研究，還包括一般藥理學、急性毒性、長期毒性及特殊毒理研究等。研究的目的是系統評價新的候選藥物，確定其是否符合進入人體臨床試驗的要求。這一階段藥物在國外統稱為“申請作為臨床研究用新藥”(Investigational．New Dmg，IND)。
3．臨床研究與“新藥的申請” 臨床研究是決定候選藥物能否成為新藥上市銷售的關鍵階段，這一階段的候選藥物在國外稱為“新藥的申請”(rfew dmg application，NDA)。
藥物臨床試驗是指任何在人體(病人或健康志願者)進行的藥物系統性研究，以證實或揭示試驗藥物的作用、不良反應及(或)試驗藥物的吸收、分佈、代謝和排洩，以確定試驗藥物的療效與安全I生。
臨床研究必須經國家藥品監督管理部門批准後實施，並嚴格執行《藥物臨床試驗質量管理規範》(GcP)的規定。臨床研究在臨床前研究的基礎上，經過嚴密的試驗設計，按隨機盲法對照的原則進行試驗，考察藥物對人體的療效(有效性)與毒副作用(安全性)，並繼續進行相應的藥理、毒理等方面的研究工作，以最終決定候選藥物能否作為新藥上市。
一般臨床試驗分為I、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期。新藥在批准上市前，申請新藥註冊應當進行I、Ⅱ、Ⅲ期臨床試驗。在某些特殊情況下，經批准也可僅進行Ⅱ期、Ⅲ期臨床試驗或僅進行Ⅲ期臨床試驗。各期臨床試驗的目的和主要內容如下。
(1)I期臨床試驗是初步的臨床藥理學及人體安全陛評價試驗。觀察人體對於藥物的耐受程度和藥代動力學，為制定給藥方案提供依據。病例數為20～30例。
(2)Ⅱ期臨床試驗是治療作用初步評價階段。其目的是初步評價該藥物對目標適應症患者的治療作用和安全性，也包括為Ⅲ期臨床試驗研究給藥劑量方案的確定提供依據。此階段的研究設計可以根據具體的研究目的，採用多種形式，包括隨機盲法對照臨床試驗。病例數≥100例。
(3)Ⅲ期臨床試驗是治療作用確證階段。其目的是進一步驗證該藥物對目標適應症患者的治療作用和安全性，評價利益與風險關係，最終為新藥註冊申請提供充分的依據。試驗一般應為具有足夠樣本量的隨機盲法對照試驗。病例數>1300例。
(4)Ⅳ期臨床試驗是新藥上市後的研究階段。其目的是考察在廣泛使用條件下，藥物的療效和不良反應，評價藥品在普通或特殊人群中使用的利益與風險關係以及是否改進給藥劑量等。病例組數I>2000例。
藥物臨床試驗的受試例數應當符合臨床試驗的目的和相關統計學的要求，並且不得少於《藥品註冊管理辦法》附件所規定的最低臨床試驗病例數。不同註冊分類的藥品對臨床試驗的要求各不相同。罕見病等某些特殊病種，難以完成規定病例數的，可以向國家藥品監督管理部門申請減少臨床試驗病例數或者申請免做臨床試驗，國家藥品監督管理部門根據具體情況作出審批決定。