內鏡治療是切除腸息肉，尤其是結腸息肉的最常用方法，最適用於有蒂息肉。內鏡息肉切除的方法很多，應根據息肉的部位、大小、形態、有蒂或無蒂等選用不同的治療方法。近年來，隨著內鏡治療技術的提高，結腸鏡內鏡切除的手段越來越多，適應證越來越擴大。

一般來說，對於較大的有蒂和亞蒂息肉，直徑2cm 的可直接用接高頻電的圈套器套入息肉根部，一次性進行切除。大於2cm 的寬基底息肉可分次摘除或用尼龍圈套扎。扁平無蒂息肉可以採用內鏡下黏膜切除術（EMR）方法切除，在基底部黏膜下層分點注射腎上腺素鹽水，待病變隆起後，即圈套切除，既可預防出血和穿孔，又達到了治療的目的。近年來，越來越多醫生採用內鏡黏膜下剝離（ESD）技術，甚至可以完整切除5 ～ 10cm 的扁平息肉。對於小於0.5cm 的息肉，直接用活檢鉗鉗取切除，有時候也用氬氣鐳射電凝的辦法治療，安全快速。內鏡切下的息肉一般要收回，並送病理檢查。

內鏡下息肉切除術一般是安全的，但是也會有出現併發症的風險，最常見的併發症有：腸穿孔，內鏡下腸息肉切除過程中可能把整個腸壁切穿，導致腸內容物進入腹腔，患者出現氣腹、腹痛、感染等。

比較小的穿孔有可能透過內鏡用金屬夾封閉，大的穿孔需要急症手術治療。息肉切除術後出血也是常見併發症，絕大部分的出血可以透過內鏡進行止血而避免挽救性手術。