良渚文化是中國東部沿海地區具有代表性的新石器時代晚期文化之一，當然也可以認為其年代持續到新石器時代末期，而大汶口文化是山東地區新石器時代晚期文化。從地域關係來看，兩個文化之間相鄰較勁，一位於太湖地區，一位於山東、江蘇地區，作為兩個相鄰的文化，在長期的交流過程中，已經相互影響，相互滲透。大汶口文化與良渚文化作為兩個鄰近文化，在長期的交流中，已經相互影響，相互滲透，關係非常密切。

就目前考古資料來看，良渚文化之前的崧澤文化就與早期大汶口文化之間有一定的交流，比如在草鞋山、崧澤出土的彩陶，與大汶口、王因等遺址的大汶口文化早期的彩陶非常相似。到良渚文化時期，則與大汶口文化之間的交流更為密切，如北陰陽營H2出土的陶尊，無論從造型還是刻劃符號來看，都與山東東南部的大汶口文化陶尊形同。福泉山良渚文化墓葬中出土的彩陶背壺、弦紋玉琮與大汶口文化中的背壺、骨雕筒則非常相似。良渚文化的陶鬹的源頭，也被認為是大汶口文化。

兩個文化共存一個重要的證據是花廳遺址的發現，在花廳墓地中，玉琮、貫耳壺等良渚文化的陶器與鏤孔豆、盉等典型大汶口文化陶器共存。在山東楊家圈、萊陽於家店等大汶口文化晚期遺存中，也發現了與良渚文化典型陶器相似的器物。由此可見，良渚文化向北發展，其影響至少到達蘇魯交接地帶，甚至輻射到膠東半島，大汶口向南拓展，其影響可到達太湖地區。

其實，在花廳墓地發現了大量的人骨，應該是戰爭所致，其人骨埋葬的方式證明了這一定，有人認為是良渚文化與大汶口文化各自發展，在江蘇地區發生過一場激烈的戰爭，最後以大汶口的失敗告終，花廳墓地的人骨多數為戰俘。大汶口文化之後的龍山文化則在大汶口文化勢力範圍內向山東收縮，也有可能受此影響。