磁碟碎片應該稱為檔案碎片，是因為檔案被分散儲存到整個磁碟的不同地方，而不是連續地儲存在磁碟連續的簇中形成的。硬碟在使用一段時間後，由於反覆寫入和刪除檔案，磁碟中的空閒扇區會分散到整個磁碟中不連續的物理位置上，從而使檔案不能存在連續的扇區類。這樣，再讀寫檔案時就需要到不同的地方去讀取，增加了磁頭的來回移動，降低了磁碟的訪問速度。

當應用程式所需的物理記憶體不足時，一般作業系統會在硬碟中產生臨時交換檔案，用該檔案所佔用的硬碟空間虛擬成記憶體。虛擬記憶體管理程式會對硬碟頻繁讀寫，產生大量的碎片，這是產生硬碟碎片的主要原因。其他如IE瀏覽器瀏覽資訊時生成的臨時檔案或臨時檔案目錄的設定也會造成系統中形成大量的碎片。檔案碎片一般不會在系統中引起問題，但檔案碎片過多會使系統在讀檔案的時候來回尋找，引起硬碟效能下降，嚴重的還要縮短硬碟壽命。

硬碟就像屋子一樣更需要常整理，要整理磁碟就要用到“磁碟碎片整理程式”這個東西，磁碟碎片整理程式可以對使用檔案分配表 (FAT)檔案系統、FAT32 檔案系統和 NTFS檔案系統格式化的捲進行碎片整理。磁碟碎片整理其實就是把硬碟上的檔案重新寫在硬碟上，以便讓檔案保持連續性。

只有連續長時間頻繁的讀寫硬碟才會對磁碟造成一定的傷害，但整理碎片並不算傷害硬碟，因為大多數人不會每天都整理一次，且每次整理的時間亦很短，並不會長時間的讀寫硬碟。關於整理碎片會損害硬碟的使用壽命,可不必太在意。建議最少每月作一次到兩次磁碟碎片整理，使硬碟的讀寫速度保持在最佳狀態。

磁碟整理過程中，由於連續長時間頻繁的讀寫硬碟，一些效能低的的機子由於硬體效能跟不上整理過程中程式對資源的需求，就會短時間的卡住，其實這是正常的，特別建議在磁碟整理的過程中不要進行大型軟體的操作！