在宗教上，牛頓持有在當時被視為比無神論更危險的極端有神論異端見解——反三位一體說，是一名不無原教旨主義色彩的基督教徒，他將其教會史及古代人類史研究、《聖經》詮釋學、千年至福說的考證結合在一起，形成了自己的整體看法。基於其反三位一體說主張，牛頓認為三位一體說開始據於正統地位的時間即是羅馬教庭開始墮落的開端，同時也是千年至福期之始。因此，他將視線投向了公元四世紀，著重考察了三位一體說開始在教會史上佔據正統地位的時期的一段歷史。其時，圍繞三位一體說及反三位一體說，尼西亞派（以亞大納西（Athanasius）為代表）與阿里烏派（以阿里烏（Arius）代表）之間有過殊死的鬥爭，最終以尼西亞派獲勝而告終。據此，牛頓認為，《新約》之《約翰書》、《提摩太書》這些明顯述及三位一體見解的篇章是在此時經由亞大納西等邪惡之徒篡改原經文而成，因而是不足為信的。同時，他透過計算得出基督二次降世的時間大約是1643年（這一時間竟與他自己的生日十分接近）。眾所周知，基督二次重世說是說，人類的罪惡是如此深重，還需要基督重臨人世，審判一切罪惡，並重建真正的宗教和秩序。
牛頓雖然對《新約》中的某些篇章持有懷疑態度，但卻對位於《新約》篇末的《啟示錄》意外地持有虔信態度。可以認為，牛頓之所以格外看重《啟示錄》的價值，是因為他作為一名虔誠的教徒，對上帝之仁慈始終不懷疑，對基督教及人類的未來始終懷有一份美好的願望。牛頓認為，從邏輯上講，《新約》《啟示錄》直接連線著《舊約》《但以理書》，這正象徵著基督教之連線著猶太教，這種連線已由人類歷史所印證，並還將為未來的程序所印證，真正的基督教必將在未來得以重建——這上帝既定的意志。
牛頓自知自己對基督教基本原理的看法（如反三位一體說）是不宜公開發表的，但是他還是就自己理解上帝的方式作了某種說明，這種說明可見諸於其著名的《自然哲學之數學原理》（第二版）“總釋”以及《光學》“疑問30-31”。牛頓說過“上帝不是作為宇宙之靈而是作為萬物的主宰來支配一切的”，說過“要做到透過事物的現象瞭解上帝，實在是非自然哲學莫屬”，但以往許多學者往往不願意認真地對待他的這些表白。自然神論者伏爾泰在將牛頓的思想介紹到法國時，就曾認為牛頓寫下“總釋”僅僅是為了以他超人的智慧來告慰人類。另有一些學者基於牛頓談過神的“第一推動”同時他又給出了關於太陽系運動的一個穩定的解，就乾脆將牛頓解釋為一位自然神論者或半自然神論者。
在宗教上，牛頓持有在當時被視為比無神論更危險的極端有神論異端見解——反三位一體說，是一名不無原教旨主義色彩的基督教徒，他將其教會史及古代人類史研究、《聖經》詮釋學、千年至福說的考證結合在一起，形成了自己的整體看法。基於其反三位一體說主張，牛頓認為三位一體說開始據於正統地位的時間即是羅馬教庭開始墮落的開端，同時也是千年至福期之始。因此，他將視線投向了公元四世紀，著重考察了三位一體說開始在教會史上佔據正統地位的時期的一段歷史。其時，圍繞三位一體說及反三位一體說，尼西亞派（以亞大納西（Athanasius）為代表）與阿里烏派（以阿里烏（Arius）代表）之間有過殊死的鬥爭，最終以尼西亞派獲勝而告終。據此，牛頓認為，《新約》之《約翰書》、《提摩太書》這些明顯述及三位一體見解的篇章是在此時經由亞大納西等邪惡之徒篡改原經文而成，因而是不足為信的。同時，他透過計算得出基督二次降世的時間大約是1643年（這一時間竟與他自己的生日十分接近）。眾所周知，基督二次重世說是說，人類的罪惡是如此深重，還需要基督重臨人世，審判一切罪惡，並重建真正的宗教和秩序。
牛頓雖然對《新約》中的某些篇章持有懷疑態度，但卻對位於《新約》篇末的《啟示錄》意外地持有虔信態度。可以認為，牛頓之所以格外看重《啟示錄》的價值，是因為他作為一名虔誠的教徒，對上帝之仁慈始終不懷疑，對基督教及人類的未來始終懷有一份美好的願望。牛頓認為，從邏輯上講，《新約》《啟示錄》直接連線著《舊約》《但以理書》，這正象徵著基督教之連線著猶太教，這種連線已由人類歷史所印證，並還將為未來的程序所印證，真正的基督教必將在未來得以重建——這上帝既定的意志。
牛頓自知自己對基督教基本原理的看法（如反三位一體說）是不宜公開發表的，但是他還是就自己理解上帝的方式作了某種說明，這種說明可見諸於其著名的《自然哲學之數學原理》（第二版）“總釋”以及《光學》“疑問30-31”。牛頓說過“上帝不是作為宇宙之靈而是作為萬物的主宰來支配一切的”，說過“要做到透過事物的現象瞭解上帝，實在是非自然哲學莫屬”，但以往許多學者往往不願意認真地對待他的這些表白。自然神論者伏爾泰在將牛頓的思想介紹到法國時，就曾認為牛頓寫下“總釋”僅僅是為了以他超人的智慧來告慰人類。另有一些學者基於牛頓談過神的“第一推動”同時他又給出了關於太陽系運動的一個穩定的解，就乾脆將牛頓解釋為一位自然神論者或半自然神論者。