負責地方公共衛生、醫療機構管理的政府機關。　　主要職能：　　（一）貫徹執行黨和國家有關衛生工作的方針、政策和法律、法規、規章；結合本市實際，研究起草衛生工作的地方性法規、規章草案和政策；研究制訂本市衛生事業發展改革的有關方案、工作規劃、政策和指導性意見，並組織實施。　　（二）根據本市國民經濟和社會發展總體規劃，編制本市衛生事業的發展規劃、區域衛生規劃和年度工作計劃，並負責組織實施。　　（三）負責制定傳染病和慢性非傳染性疾病的防治規劃。依法監測傳染病，建立預警機制，防止和控制疫情的暴發和蔓延；組織開展全民健康教育與促進。　　（四）負責本市突發公共衛生事件和涉及衛生的突發公共事件的應急管理工作；負責建立本市院前急救系統和醫療救治系統，組織開展應急醫療救護工作。　　（五）負責對傳染病防治、公共場所衛生、飲水衛生、學校衛生、職業衛生等相關公共衛生實施監督管理。研究監測各類與人群健康密切相關的重大危險、致病因素。　　（六）負責對本市各級各類醫療衛生機構設定、醫療服務專案開設、醫療新技術運用、大型醫用裝置配置、醫療衛生從業人員以及母嬰保健專項技術等實施許可准入和監督執法。依法動員、組織公民無償獻血，監督管理採供血機構及臨床用血安全。　　（七）負責制訂或審定（稽核、批准）各級各類醫療衛生機構的醫療、護理、醫技及相關服務的質量標準、技術規範、職業道德規範，並實施監督和管理。　　（八）依法管理醫療機構內部臨床藥事工作。協助市價格主管部門制訂醫療衛生服務價格，負責監管各級各類醫療衛生機構的醫療服務價格執行情況。　　（九）負責制定本市中醫藥工作發展規劃，促進中醫藥事業和中西醫結合工作的協調發展。　　（十）研究制定社群衛生、農村衛生、婦幼衛生、初級衛生保健工作規劃和政策，並組織實施。　　（十一）負責制訂本市衛生科技發展規劃，組織本市重大衛生問題研究和重點科研專案攻關，並指導科技成果的轉化和推廣；負責全市與人群健康有關的實驗室及其實驗活動的生物安全監督工作。　　（十二）負責制定本市衛生人才發展規劃；指導、組織開展衛生專業技術職務聘任和任職資格認證的有關工作；負責制定衛生從業人員繼續教育和有關專業培養計劃和方案，並組織實施。　　（十三）負責收集、釋出本市公共衛生、醫療服務等有關衛生資訊和政務公開資訊；組織開展醫學衛生領域的國際交流與合作。　　（十四）負責管理上海市幹部保健局；會同有關部門共同管理上海市醫療保險局；加強對上海申康醫院發展中心及其所辦醫院的業務指導和依法監管。　　（十五）負責有關行政複議受理和行政訴訟應訴工作。　　（十六）承辦市政府交辦的其他事項。