選配方法分兩大類：個體選配和等級選配。對於核心群來說，應採取個體選配，對每隻種兔逐只分析後確定與配個體；對於生產群來說，將種母兔按照特點分成幾個群，並針對其特點選用對應的一些種公兔，採取隨機交配，但避開近交。

選配是指在牛群內，根據牛場育種目標有計劃地為母牛選擇最適合的公牛，或為公牛選擇最適合的母牛進行交配，使其產生基因型優良的後代。不同的選配，具有不同的效果。根據交配個體間的表型特徵和親緣關係，通常將選配方法分為品質選配和親緣選配。

（1）品質選配就是考慮交配雙方品質對比的選配。根據選配雙方品質的異同，品質選配可分為同質選配和異質選配。

同質選配是選擇在外形、生產效能、或其他經濟性狀上相似的優秀公、母牛交配。其目的在於獲得與雙親品質相似的後代，以鞏固和加強它們的優良性狀。同質選配的作用主要是穩定牛群優良性狀，增加純合基因型的數量，但同時亦有可能提高有害基因同質結合的頻率，把雙親的缺點也固定下來，從而導致適應性和生活力下降。所以必須加強選種，嚴格淘汰不良個體，改善飼養管理，以提高同質選配的效果。

異質選配是選擇在外形、生產效能、或其他經濟性狀上不同的優秀公、母牛交配。其目的是選用具有不同優良性狀的公、母牛交配，結合不同優點，獲得兼有雙親優良品質的後代。異質選配的作用在於透過基因重組綜合雙親的優點或提高某些個體後代的品質，豐富牛群中所選優良性狀的遺傳變異。在育種實踐中，只要牛群中存在著某些差異，就可採用異質選配的方法來提高品質，並及時轉入同質選配加以固定。

（2）親緣選配是根據交配雙方的親緣關係進行選配。按選配雙方的親緣程度遠近，又分為近親交配（簡稱近交）和非近親交配（簡稱非近交）。一般認為，5代以內有親緣關係的公、母牛交配稱為近交，否則稱為非近交。從群體遺傳的角度分析，一個大的群體在特定條件下，群體的基因頻率與基因型頻率在世代相傳中應能保持相對的平衡狀態，如果上下兩代環境條件相同，表現在數量上的平均數和標準差大體上相同。但是，如果不是隨機交配，而代之以選配，就會打破這種平衡。當選配個體間的親緣關係高出隨機交配的親緣程度時就是近交，低於隨機交配的程度時就是雜交。