康熙十六年（1677年），清朝恢復福建水師體制。康熙十八年（1679年），任命湖南嶽州水師總兵官萬正色為福建水師提督。至是年年底，福建水師有戰船240艘，官兵28,580名。[ 康熙十九年（1680年），鄭經和清朝戰爭失利，放棄廈門、金門，退往臺灣。 福建總督姚啟聖打算趁勢進攻臺灣，但遭福建水師提督萬正色反對，加上一些大臣支援萬正色，康熙帝也顧慮未解決西南吳世璠，決定暫緩進攻。

康熙二十年（1681年），鄭經中風而死。鄭氏王朝政變，鄭克塽年僅12歲繼任延平王，馮錫範、劉國軒掌握實權，鄭氏官員向心力開始動搖，傅為霖負責與清朝談和，甚至願當內應。姚啟聖認為是時候進攻臺灣，但萬正色反對出兵。姚啟聖知道施琅仇視鄭氏王朝，必能幫助他擊敗鄭軍，便向康熙帝推薦施琅。康熙帝不滿萬正色反戰，便同意施琅擔任水師提督，萬正色調任陸師提督。

康熙帝規劃，應由姚啟聖、萬正色、巡撫吳興祚一起商討作戰，施琅卻打算排除姚啟聖等人的節制，以便能全權進攻臺灣，不過康熙帝只同意吳興祚負責後勤，仍然命令姚啟聖和施琅共同出兵。康熙二十一年五月初五（1682年6月10日），清軍抵達銅山島，姚啟聖和施琅卻在爭執出兵時機，姚啟聖主張利用冬天的北風，施琅主張利用夏天的南風，導致清軍無法順利出兵。 最後康熙帝於十月初六（11月15日）裁定施琅負責前線作戰，姚啟聖改任後勤作業，才讓施琅如願取得統帥權。 十一月初三（12月1日）施琅率領約21000人，軍艦238艘前往興化平海衛訓練軍隊。

姚啟聖軍權旁落後，為避免施琅獨得戰功，轉而和鄭氏王朝談判。但是施琅主戰意志堅決，且負責談判的劉國軒不接受剃髮易服[13]，談判因此破裂。 康熙二十二年五月廿三日（1683年6月17日）康熙帝下令施琅盡速進攻，因此爆發六月（陽曆7月）的澎湖海戰。

康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日），施琅從銅山島出發，姚啟聖也撥3000人同施琅出征[18]。十五日（9日）鄭軍哨船發現清軍已到花嶼、貓嶼一帶， 趕緊回報劉國軒，當晚清軍在八罩島過夜。

十六日（10日）施琅進攻娘媽宮，以速度快的鳥船當作先鋒。劉國軒讓林陞、江勝指揮水軍；邱輝為先鋒[19]，自己在娘媽宮港口督戰。當時受風勢阻擾，清軍不敢前進，只有以藍理為首的7隻艦隊突入鄭軍[18]。

施琅再派出第二波鳥船部隊，交戰不久後開始漲潮，一些清軍船隻被海水沖向岸邊，鄭軍趁勢將艦隊分成兩翼包圍清軍[20]。 施琅見狀趕緊突入鄭軍，想解救被圍困的船隻，卻被林陞率軍包圍。施琅在交戰中被火銃射傷右眼，不過沒有失明[20]； 林陞也被大炮打斷左腿[20]。林陞負傷讓鄭軍失去指揮，施琅藉機撤離戰場，到西嶼附近的海上休息。

施琅於十七日（11日）返回八罩島，八罩島地形險惡，船隻遇暴風很容易撞上島邊的暗礁，農曆六月又是容易發生颱風的時節， 施琅卻很幸運沒碰到颱風[21]。劉國軒得知清軍在八罩島休息，親自進攻卻被施琅擊退[22]。 施琅趁勢於十八日（12日）先派戰船攻取澎湖港外虎井嶼、桶盤嶼。[23]

二十二日（16日）早七時，施琅決定發動總攻擊，將艦隊分成三路進攻，剩下約80艘當後援部隊，搭配採用以眾擊寡的「五點梅花陣」，即是五艦結為一隊攻東寧的一艦：

中路：共有56艘船，分成8隊，每隊有7艘船。由施琅親自指揮，作為主力進攻娘媽宮。右路：共有50艘船，由總兵陳蠎等從澎湖港口東側東蒔攻入雞籠嶼、四角嶼，之後會閤中央部隊夾攻鄭軍。左路：共有50艘船，由總兵董義等從澎湖港口西側內塹攻入牛心灣，讓鄭軍誤判清軍要在此地登陸。

天亮前，開始颳起颱風。辰時（7時—9時）受颱風影響，海上吹起西北風，鄭軍順著風勢進攻，一時處於優勢，清將朱天貴被炮擊而死。到了中午，颱風受到赤道鋒面帶的影響，海上開始吹南風，風向轉變成對清軍有利。施琅命令全軍反攻，順著風勢發射各種火器，並且以數船圍攻鄭軍一船，鄭軍全面崩潰，江勝戰死、邱輝自焚。共斃傷鄭軍1,2000人，俘5,000餘人。擊毀、繳獲戰船190餘艘。劉國軒眼見大勢已去，率領殘餘部隊從北面吼門退往臺灣，澎湖各島鄭軍都向施琅投降。清軍陣亡329人，傷1,800餘人。

施琅戰勝後，考慮臺灣水道非常險惡，進軍困難。施琅決定暫緩進攻，採取攻心戰術，讓鄭氏王朝從內部崩潰。施琅在澎湖禁止殺戮，張榜安民；發布《安撫輸誠示》。派原劉國軒副將曾蜚赴臺。派人醫治受傷戰俘，並配給他們衣服、糧食，再將士兵送回臺灣。還拉攏鄭軍將領為內應，防守淡水的何佑首先私通施琅，其他將領也跟進。

鄭軍戰敗訊息傳到臺灣，人心開始不安。為了延續政權的生存，有將領提出進攻菲律賓，得到馮錫範同意。卻傳出遠徵軍只想搶劫，還打算逃往海外，因此劉國軒阻止此計畫。七月十三日(9月3日)，施琅率軍在臺灣登陸。 後來在劉國軒大力主張下，鄭克塽於七月十五日（9月5日）向施琅投降[33]， 並於八月十八日（10月8日）剃髮易服[34]，鄭氏王朝正式滅亡。

鄭克塽投降後，清廷為了是否把臺灣併入版圖產生爭論，不少大臣認為臺灣孤懸海上，治理以及防守花費不小，主張棄守。最後施琅以臺灣戰略地位重要，說服清廷將臺灣併入版圖。

你用一千多萬平方公里的領土，兩個多億的人口，每年幾千萬兩白銀的財政收入，近百萬的軍隊，佔領一個小島，還需要什麼？

你是不是又要問現代為什麼沒去？

中國不是怕誰加入戰爭，誰也不敢加入的，中國只是想把人留住，如果只是佔領小島，很容易的事，但如果拿到的只是一個空島，那將沒有意義，世界看到的就只是中國的反面，因為別人覺得黑暗，沒有人願意留在中國。

這個有好幾種說法，不知道你是說哪一種，我知道這個是康熙花了好長時間才把臺灣統一的，當時西邊的各種亂象，康熙首先是選擇了很好的人才，在眾大臣中透過毛遂自薦的方式，和四川徵集人才的的方式，廣納人才。當時施琅在臺灣的水軍很厲害，康熙黃帝選擇了，當時比較出名的漢人將士姚啟聖，在內蒙一帶被流放，重新啟用他，因為他是施琅的老師，透過姚啟聖，第一是禁海，在沿海30裡不允許打魚，謀生等等，這樣臺灣的水軍就沒有辦法搶到吃的和食物。第二，大力訓練水軍，操練水軍，大力興建水軍，擴大水軍的規模這樣就有十足的把握了。第三，建造軍船，這個很管用，因為大陸水軍的實力太差，這樣一來勝利根大。第四，購買大炮，在結合西洋的大炮和自己建造軍船作用就很好了。第五，選擇時機，因為漲潮和退潮的時機和天氣，順風順水，選擇最佳的時機，這個作用特別大。第六，採用各種方法，安民的政策，大陸本身和臺灣是一家人，所以這個作用很大，安民效果很好。第七，和自己的徒弟施琅，先弄清楚對方的策略，什麼樣的方法才能打敗他，對他的戰略防禦和功效方法很重要，這一點是的臺灣統一了。臺灣一直是中國的一部分，絕對不能分裂，這是每一箇中華兒女的期盼，早日迴歸，早日回家，這樣一來就很好了，這樣就拿下了臺灣，統一了臺灣。