常用的消毒方法有∶食鹽消毒、硫酸銅消毒和高錳酸鉀消毒。

食鹽消毒：1升水對25克食鹽，將水草浸15秒，取出用清水衝淨。消毒時間太長水草會脫水，太短達不到消毒的效果。

硫酸銅消毒：1升水中加入3克硫酸銅，將水草浸5分鐘，用清水沖洗。硫酸銅的藥性很強，水草不能浸太長時間，以免水草枯死。硫酸銅可以反覆使用，不會失效。對殺死藻類特別有效。

高錳酸鉀消毒：1升水對2克高錳酸鉀，將水草浸5分鐘，用清水衝淨。高錳酸鉀的殺菌殺蟲力很強，缺點是高錳酸鉀不能重複使用。

草經過消毒之後，為了使種植後的水草能夠順利成長，以及避免將藻類引進水族缸，必須事先給予妥善的修剪。尤其是有一些著生的藻類，往往不易使用手指尖或鑷子去除，此時最好使用剪刀把整片葉子剪去，甚至於在不得已的情況下，剪去所有的葉片，只保留一截短莖或葉柄及根部就好，而讓它在水族缸重新發芽生長。

對於老葉、有破損的葉，以及傷葉、傷枝及不希望保留的葉，都可以剪去，儘管留下來的葉片也許不多，但新葉將很快就可以長出來，同時未來應該都能長得碩大而且美麗。

市售有莖水草通常都還未長出根，在買回種植之前，如果莖節下部保留太長，栽種後莖節沒有栽入砂層中，可能會使栽入的部分發生腐爛，而讓植物體從底床脫離，並浮在水面之現象。因為有莖水草的根主要是從莖節長出來的，如果不把莖節以下過長的莖剪下，就可能不容易把它的莖節栽入砂層中。凡是無莖的根生水草，都要把大部分的鬚根剪掉，因為大部分的根都會枯萎而長出新根。另外，某些蓮座生的無莖水草，如CROWN草，其根部經過修剪後，在種植時，也較為便利。

凡是無莖的根生水草，都要把大部分的根鬚剪掉。