工學碩士屬於學術型碩士，工程碩士屬於專業型碩士碩士學位分類學術型學位：哲學、經濟學、法學、教育學、文學、歷史學、理學、工學、農學、醫學、軍事學、管理學。專業學位：工商管理碩士(MBA)，法律碩士，公共管理碩士，教育碩士，公共衛生碩士，體育碩士，軟體工程碩士，工程碩士，會計專業碩士，建築學碩士，臨床碩士，藝術碩士，風景園林碩士，農業推廣碩士專業學位，獸醫碩士專業學位學術型碩士與專業碩士的區別培養方向不同全日制學術型碩士教育以培養教學和科研人才為主，授予學位的型別主要是學術型學位;GCT專業碩士是具有職業背景的碩士學位，為培養特定職業高層次專門人才而設定。招生條件不同全日制學術型碩士則不需要報考者有一定年限的工作經歷。GCT專業碩士要求報考者有一定年限的工作經歷，絕大多數專業碩士還要求在職人員報考需經所在單位或相應管理部門的同意，有的甚至要求所在單位推薦等。招生考試不同全日制學術型碩士的招生考試只有年初的“統考”，而統考以外的專業考試則由各招生單位自行命題、閱卷。專業碩士的招生考試有10月份的“聯考”和年初的“統考”兩次機會，考生可以自行選擇，而這兩大國家級別的考試的專業考試，也由各招生單位自行命題、閱卷。GCT在職碩士是參加10月份的聯考，全日制專業碩士跟原來全日制學術型碩士考試時間一樣，都是每年一月份初試。入學難度不同全日制學術型碩士的全國碩士研究生入學統一考試(統考)完全是嚴進寬出的代表。專業碩士的招生考試有10月份的“聯考”和年初的“統考”兩次機會，考生可自行選擇。這兩大國家級別考試的專業考試，是由各招生單位自行命題、閱卷。不同專業的入學難度各不相同，熱門專業相對難一些。全日制專業型碩士2010年才開始開始獨立招生，由於還沒考，難度未知。學習方式不同全日制學術型碩士： 全日制學習。一般為3年。GCT在職專業碩士： 半脫產，學制2-3年。全日制專業碩士：脫產全日制學習，學制2-3年學習費用不同全日制學術型碩士錄取為國家計劃內(非定向、定向)的碩士生按國家規定享受免學費待遇。GCT專業碩士學費按照不同專業類別差別較大。例如，MBA的學費要十幾甚至幾十萬元，而工程碩士的學費一般為3-4萬元。專業碩士學位一般不能申請國家助學貸款。全日制專業碩士從2010年開始基本跟全日制學術型碩士一樣，錄取為國家計劃內(非定向、定向)的碩士生按國家規定享受免學費待遇。