全真教的初創頗有神話色彩，傳說其創始人王重陽在公元1159年時，在甘河鎮遇到八仙之中的漢鍾離和呂洞賓，得授金丹口訣後，隱居終南山，修道三年，終成正果。全真教實際上是在吸收了佛教和儒學的基礎上，發展起來的教派。以苦修奇行而著稱，宣揚戒酒、戒色、戒財、戒氣。在金元戰亂之際，很受中國北方百姓的信服。
全真教之所以能夠成為元朝最為盛行的道教（其它有名的道教是太一教和真大教），與第二代教主邱處機西行覲見成吉思汗有直接關係。此前，邱處機相繼受到金朝皇帝和南宋的邀請，但他以“我之行止天也”為藉口，予以謝絕。當蒙古崛起以後，他看到成吉思汗必定會成為統一中華的一代雄主，於是審時度勢，接受了成吉思汗的邀請，西行數千裡，到中亞大雪山的行營中覲見了成吉思汗。他的弟子李志常，將西行見聞和在燕京的活動撰寫成《長春真人西遊記》。
當時的成吉思汗只是佔領了燕京，並沒有得到整個中原漢地。作為漢人的邱處機，為了本教的興盛和發展，忘記華夷之分，覲見成吉思汗，確實有虧名節。這種行為也確實是一種政治投機。但是，就是因為這次西行覲見，使全真教成為蒙古前四汗最為鼎盛的教派。
邱處機覲見成吉思汗後，受到隆重的禮遇和器重，被稱為“神仙”。成吉思汗遂命他掌控當時北方漢地的所有道教和其它宗教，甚至代管燕京儒學。全真教也因此取得了全面壓倒儒學和佛教的地位。這也為後來的矛盾埋下了禍根。邱處機並沒有被後來人宣傳的那樣改變了成吉思汗屠城弒殺的暴行，只是勸誡他不要亂殺人。
全真教在前四汗時期，依託蒙古政權這個政治靠山，開始枉行不法起來。不僅網羅不法之徒，而且欺壓佛教和儒學，甚至將寺院改為道觀，或者強行霸佔寺院的土地，使佛道兩教之間的對立非常尖銳，因而引起了蒙古統治者的猜忌。
全真教受到的第一次挫折，發生在蒙哥汗時期。公元1255年，少林寺的福裕長老北上和林，向蒙哥汗狀告全真教道：“道士欺謾朝廷遼遠，倚著錢財壯盛，廣買臣下，即媚人情 ，恃力兇愎，佔奪佛寺，損毀佛像，打碎石塔。”歷數全真教對佛教的欺壓和迫害。蒙哥汗經過調查後，要求全真教退還霸佔的部分寺院田產。自此開始，蒙哥汗改變了對全真教一味支援和庇護的政策。
第二次挫折也是在蒙哥汗時期，不過經辦人是忽必烈。公元1258年，蒙哥汗親征川蜀前夕，讓賦閒在家的忽必烈在開平主持了一次佛道辯論。佛道兩教各有十七人參加。佛教方面有吐蕃薩迦派的領袖八思巴，還有那摩國師、福裕長老等從河西、漢地和大理來的名僧。道教方面的代表是全真教的新任掌門張志敬等人。雙方辯論的核心就是道教的《老子化胡經》的真偽問題。對這次辯論，佛教方面做了充分的準備，他們抓住道教的幾個弱點進行攻擊。第一，《老子化胡經》所說的老子出關化胡的故事，在正史中並沒有記載，缺乏依據。第二，老子化胡的故事，為當時同為胡人的統蒙古統治才非常嫌惡。佛教方面從先秦以來的典籍層層追究，追問這本經書出現的時間，證明《老子化胡經》為後世杜撰。最後，忽必烈裁定《老子化胡經》為偽書。做賊和說謊是蒙古人的大忌。這次辯論之後，忽必烈對全真教進行了嚴厲的懲處，強命道士樊志應等十七人削髮為僧，焚燬了《老子化胡經》等四十五部道家的經書，還命令他們將霸佔的二百多處寺院田產歸還佛教。
公元1281年，當時身為皇帝的忽必烈又主持了第二次佛道辯論大會。起因是前一年時，大都長春宮的全真教徒和佛教教徒為了爭奪觀院發生衝突。這次辯論中，忽必烈的傾向非常明顯。他抓住全真教道士號稱不懼水火的特異功能，當場命他們親自進入火場進行檢驗。道士們不敢自試自術，被迫同意繼續焚燒《老子化胡經》等經書以換取生路。這一次對全真教的打擊非常沉重，設在元大都的全真教祖庭長春宮，被禁止舉行醮祠之類的宗教活動長達十幾年。
自此以後，全真教全面進入衰落期。後來，因為全真教在蒙元統治中心的元大都地區實在難以存活下去，他們就在元成宗時期，轉而向南發展。在山西最南端今三門峽一帶，建立了一個新的中心----永樂宮。但因為此時藏傳佛教也開始在山西中部和北部發展，而且因為藏傳佛教是蒙元的國教，所以發展很快，對全真教的空間進行了又一步的壓縮。
全真教的初創頗有神話色彩，傳說其創始人王重陽在公元1159年時，在甘河鎮遇到八仙之中的漢鍾離和呂洞賓，得授金丹口訣後，隱居終南山，修道三年，終成正果。全真教實際上是在吸收了佛教和儒學的基礎上，發展起來的教派。以苦修奇行而著稱，宣揚戒酒、戒色、戒財、戒氣。在金元戰亂之際，很受中國北方百姓的信服。
全真教之所以能夠成為元朝最為盛行的道教（其它有名的道教是太一教和真大教），與第二代教主邱處機西行覲見成吉思汗有直接關係。此前，邱處機相繼受到金朝皇帝和南宋的邀請，但他以“我之行止天也”為藉口，予以謝絕。當蒙古崛起以後，他看到成吉思汗必定會成為統一中華的一代雄主，於是審時度勢，接受了成吉思汗的邀請，西行數千裡，到中亞大雪山的行營中覲見了成吉思汗。他的弟子李志常，將西行見聞和在燕京的活動撰寫成《長春真人西遊記》。
當時的成吉思汗只是佔領了燕京，並沒有得到整個中原漢地。作為漢人的邱處機，為了本教的興盛和發展，忘記華夷之分，覲見成吉思汗，確實有虧名節。這種行為也確實是一種政治投機。但是，就是因為這次西行覲見，使全真教成為蒙古前四汗最為鼎盛的教派。
邱處機覲見成吉思汗後，受到隆重的禮遇和器重，被稱為“神仙”。成吉思汗遂命他掌控當時北方漢地的所有道教和其它宗教，甚至代管燕京儒學。全真教也因此取得了全面壓倒儒學和佛教的地位。這也為後來的矛盾埋下了禍根。邱處機並沒有被後來人宣傳的那樣改變了成吉思汗屠城弒殺的暴行，只是勸誡他不要亂殺人。
全真教在前四汗時期，依託蒙古政權這個政治靠山，開始枉行不法起來。不僅網羅不法之徒，而且欺壓佛教和儒學，甚至將寺院改為道觀，或者強行霸佔寺院的土地，使佛道兩教之間的對立非常尖銳，因而引起了蒙古統治者的猜忌。
全真教受到的第一次挫折，發生在蒙哥汗時期。公元1255年，少林寺的福裕長老北上和林，向蒙哥汗狀告全真教道：“道士欺謾朝廷遼遠，倚著錢財壯盛，廣買臣下，即媚人情 ，恃力兇愎，佔奪佛寺，損毀佛像，打碎石塔。”歷數全真教對佛教的欺壓和迫害。蒙哥汗經過調查後，要求全真教退還霸佔的部分寺院田產。自此開始，蒙哥汗改變了對全真教一味支援和庇護的政策。
第二次挫折也是在蒙哥汗時期，不過經辦人是忽必烈。公元1258年，蒙哥汗親征川蜀前夕，讓賦閒在家的忽必烈在開平主持了一次佛道辯論。佛道兩教各有十七人參加。佛教方面有吐蕃薩迦派的領袖八思巴，還有那摩國師、福裕長老等從河西、漢地和大理來的名僧。道教方面的代表是全真教的新任掌門張志敬等人。雙方辯論的核心就是道教的《老子化胡經》的真偽問題。對這次辯論，佛教方面做了充分的準備，他們抓住道教的幾個弱點進行攻擊。第一，《老子化胡經》所說的老子出關化胡的故事，在正史中並沒有記載，缺乏依據。第二，老子化胡的故事，為當時同為胡人的統蒙古統治才非常嫌惡。佛教方面從先秦以來的典籍層層追究，追問這本經書出現的時間，證明《老子化胡經》為後世杜撰。最後，忽必烈裁定《老子化胡經》為偽書。做賊和說謊是蒙古人的大忌。這次辯論之後，忽必烈對全真教進行了嚴厲的懲處，強命道士樊志應等十七人削髮為僧，焚燬了《老子化胡經》等四十五部道家的經書，還命令他們將霸佔的二百多處寺院田產歸還佛教。
公元1281年，當時身為皇帝的忽必烈又主持了第二次佛道辯論大會。起因是前一年時，大都長春宮的全真教徒和佛教教徒為了爭奪觀院發生衝突。這次辯論中，忽必烈的傾向非常明顯。他抓住全真教道士號稱不懼水火的特異功能，當場命他們親自進入火場進行檢驗。道士們不敢自試自術，被迫同意繼續焚燒《老子化胡經》等經書以換取生路。這一次對全真教的打擊非常沉重，設在元大都的全真教祖庭長春宮，被禁止舉行醮祠之類的宗教活動長達十幾年。
自此以後，全真教全面進入衰落期。後來，因為全真教在蒙元統治中心的元大都地區實在難以存活下去，他們就在元成宗時期，轉而向南發展。在山西最南端今三門峽一帶，建立了一個新的中心----永樂宮。但因為此時藏傳佛教也開始在山西中部和北部發展，而且因為藏傳佛教是蒙元的國教，所以發展很快，對全真教的空間進行了又一步的壓縮。