小腸有三種功能即消化、吸收和分泌及運動功能，其中以吸收和分泌功能為主。 在消化系統中，食物在口腔和食道內實際上不被吸收。在胃內，食物的吸收也是很少的，胃可吸收酒精和少量水分。大腸主要吸收水分和鹽類。因此小腸是吸收的主要部位。人的小腸長約5～6米，它的粘膜具有環狀皺褶，並擁有大量指狀突起的絨毛，因而使吸收面增大30倍，達10平方米； 食物在小腸內已被消化，適於吸收；食物在小腸內停留的時間也相當長。這些都是對於小腸吸收非常有利的條件。 絨毛是小腸粘膜的微小突出構造。絨毛的表現是形成小腸粘膜面的基本部分。每1條絨毛的外面是一層柱狀上皮細胞，柱狀細胞頂端存在微絨毛。人的腸絨毛上，每一個柱狀上皮細胞可有1,700條微絨毛。因此，由於微絨毛的存在，又使小腸的吸收面比上面所估計的數值增大20倍以上，即總共使吸收面積增大600倍以上。 小腸絨毛內部有平滑肌纖維、神經叢、毛細血管、毛細淋巴管等組織。淋巴管和毛細血管是營養物質輸入機體內的途徑。透過主動性轉運和被動性轉運營養物質被吸收入機體。一般認為，糖類、蛋白質和脂肪的消化產物的大部分是在十二指腸和空腸被吸收的，而當到達迴腸時，通常均已吸收完畢。迴腸能主動吸收膽鹽和維生素B。此外，小腸的上段和下段在轉運水分和電解質方面，也有所不同。在十二指腸和空腸上段，由於腸內容物的滲透壓較高，水分和電解質由血液進入腸腔和由腸腔進入血液的量都很大，交流得也很快，以致腸腔內液體的量減少得不多。在迴腸則相反，這種交流要少得多，離開腸腔的液體量比進入的多，從而使腸內容物的量大為減少。 腸所吸收的物質，不僅是由口腔攝入的經過消化的物質，分泌入消化道的各種消化液本身所含有的水分、無機鹽和某些有機成分也重被吸收。 小腸的另一主要功能為分泌功能。小腸內有兩種腺體：十二指腸腺和腸腺。十二指腸腺又稱勃氏腺（Blunners Slond），是分佈在十二指腸範圍內的一種分支管泡狀腺，位於粘膜下層內。其分泌鹼性液體，內含粘蛋白，主要機能是保護十二指腸的上皮不被胃酸侵蝕。腸腺又稱李氏（liebtrkiihn）腺，分佈於全部小腸的粘膜層內，腸腺的分泌液構成了小腸液的主要成分。小腸液是一種弱鹼性液體，PH約為7.6，成年人每日分泌量約1～3升，大量的小腸液可以稀釋消化產物，使其滲透壓下降，從而有利於吸收的進行。小腸液中含有多種酶，這些酶將對於將各種營養成分進一步分解為最終可吸收的產物具有重要意義。食團以及食物的消化產物對腸粘膜區域性的機械刺激和化學刺激，可引起小腸液的分泌。在食物的刺激下，胃腸粘膜釋放的胃泌素、促胰液素、抑胃肽等多種激素，也有刺激小腸分泌的作用