乾清宮作為明清兩代的正宮，是皇帝和皇后的居所，地位極為重要。

而由於皇帝晚上是住在乾清宮的，所以這座宮殿的風水和安全都是重中之重。

一般來說，乾清宮只有皇帝和皇后才能居住，嬪妃等只能是靠翻牌子來進御，完事了再送回住所，是不能留在乾清宮過夜的。明初規定：皇帝居住的乾清宮暖閣，必須在九間暖閣中各設三張床，一共二十七張床，皇帝晚上臨幸或辦理公務後要睡覺時，任選一張去休息。這麼做的原因是防備刺殺，不怕一萬就怕萬一嘛！

不過萬事都有例外，明清五百年的歷史中，就真的發生過一場在禁宮中刺殺皇帝的事情，主角就是上文所提到的嘉靖皇帝，犯案人員是他的十六個貼身宮女，地點就在乾清宮，起因則是嘉慶帝迷通道教，愛吃丹藥，性格極度暴躁，經常虐待宮女，甚至以宮女經血來煉丹。如此慘無人道的折磨，最終把宮女們逼向了一條絕境，也給嘉靖執政生涯上蒙上了一大汙點。嘉靖二十一年十月二十一日夜裡，嘉靖皇帝在寵幸完端妃曹氏之後就在其中一張床上躺著休息，雖然皇帝睡覺的地方很保密，可在十六名宮女之中，有一名是被嘉靖寵幸過的，名叫楊金英，她也是這場罪案的發起人之一。楊金英知道嘉靖皇帝平時喜歡睡在哪裡，寵幸完嬪妃後喜歡睡在哪裡。在看到端妃從乾清宮出來後，楊金英知道嘉靖皇帝今晚辦了事，極有可能會睡在哪張床上。

於是當天夜裡，十六名宮女神不知鬼不覺地潛入乾清宮，一找就找到了嘉靖皇帝，眾人一擁而上，掐脖子的、按胸口的、按手腳的，把嘉靖帝死死地控制住。可是這班人都是手無縛雞之力的女流，加上時間緊迫，內心緊張，在最重要的一環上出了差錯：按照計劃是要以繩索將嘉靖帝勒死，但楊金英在慌亂之中將繩索打成了死結，拉了好久也沒見嘉靖斷氣。

一些宮女見事不成，立馬去通知方皇后，眾人問詢前來營救嘉靖，總算是救下了嘉靖這條命。事發之後，十六名宮女全部被凌遲處死，端妃曹氏和寧嬪王氏被牽扯進來，在宮中的僻靜之所被秘密處死。從此嘉靖再也不敢住在乾清宮，而是搬到了後宮的西苑（今中南海）居住，同時給他怠政不上朝找了一個有理有據的藉口。