1、性質不同
常染色質為染色質（由DNA、RNA和蛋白質組成）的一種鬆散聚集的形式，這種聚集方式在基因中大量存在，並且相應的片段通常處於活躍的轉錄當中（但並非必要，即常染色質部分不一定都是高表達的序列）。常染色質構成了細胞核基因組中表達最活躍的一部分。
異染色質指在細胞週期中具有固縮特性的染色體。
2、功能不同
常染色質區域的基因可以被轉錄為信使RNA。常染色質區域非摺疊的結構允許基因調控蛋白和RNA聚合酶與其上的DNA序列結合，從而開啟轉錄過程。在轉錄過程中，並非所有的常染色質都會被轉錄，但基本上非轉錄的部分會摺疊為異染色質以保護暫時其上不用的基因。因此細胞的活性與細胞核中的常染色質數目有直接關係。
常染色質與異染色質之間的轉換被認為是一種調控基因表達和複製的機制。這是基於“可訪問性假設”，基因的轉錄與表達在緊密壓縮的染色質中更難完成，需要另外的機制，因而聚集較為鬆散的常染色質區域上的基因更容易進行復制和轉錄過程，這樣的結構對於一些處於高表達量的基因尤為重要。
一類經常處於活動的結構常染色質是編碼一些細胞生存必需的蛋白的基因（又稱管家基因，housekeeping genes）。
異染色質的功能：
結構型異染色質可以加強著絲點區，使著絲粒穩定，以確保染色體分離。可以隔離和保護重要基因（例如NOR區的18S和28S基因），防止或減少基因突變和交換。
促進物種分化，同源染色體可透過其異染色質區的重複序列在減數分裂時配對，這種配對能幫助染色體全長的聯會。重複序列中可以容納突變，進而形成新的不同重複序列，由此而促進物種的分化和形成。有利於非必要基因在生存競爭中被淘汰。
具有斑點位置效應，能導致常染色質異染色質化，使其中的基因表達受到抑制。異染色質可以從兩個方面參與基因調控：透過一種與“異染色質化”有關的過程，使多數大片段的染色質結構關閉;透過穩定更多的已開放的染色質結構來避免其關閉結構狀態的存在。
3、鹼性染料反應不同
常染色質易被鹼性染料染成淺色，或對福爾根反應呈弱陽性。異染色質易被鹼性染料染成深色，或對福爾根反應呈陽性。
1、性質不同
常染色質為染色質（由DNA、RNA和蛋白質組成）的一種鬆散聚集的形式，這種聚集方式在基因中大量存在，並且相應的片段通常處於活躍的轉錄當中（但並非必要，即常染色質部分不一定都是高表達的序列）。常染色質構成了細胞核基因組中表達最活躍的一部分。
異染色質指在細胞週期中具有固縮特性的染色體。
2、功能不同
常染色質區域的基因可以被轉錄為信使RNA。常染色質區域非摺疊的結構允許基因調控蛋白和RNA聚合酶與其上的DNA序列結合，從而開啟轉錄過程。在轉錄過程中，並非所有的常染色質都會被轉錄，但基本上非轉錄的部分會摺疊為異染色質以保護暫時其上不用的基因。因此細胞的活性與細胞核中的常染色質數目有直接關係。
常染色質與異染色質之間的轉換被認為是一種調控基因表達和複製的機制。這是基於“可訪問性假設”，基因的轉錄與表達在緊密壓縮的染色質中更難完成，需要另外的機制，因而聚集較為鬆散的常染色質區域上的基因更容易進行復制和轉錄過程，這樣的結構對於一些處於高表達量的基因尤為重要。
一類經常處於活動的結構常染色質是編碼一些細胞生存必需的蛋白的基因（又稱管家基因，housekeeping genes）。
異染色質的功能：
結構型異染色質可以加強著絲點區，使著絲粒穩定，以確保染色體分離。可以隔離和保護重要基因（例如NOR區的18S和28S基因），防止或減少基因突變和交換。
促進物種分化，同源染色體可透過其異染色質區的重複序列在減數分裂時配對，這種配對能幫助染色體全長的聯會。重複序列中可以容納突變，進而形成新的不同重複序列，由此而促進物種的分化和形成。有利於非必要基因在生存競爭中被淘汰。
具有斑點位置效應，能導致常染色質異染色質化，使其中的基因表達受到抑制。異染色質可以從兩個方面參與基因調控：透過一種與“異染色質化”有關的過程，使多數大片段的染色質結構關閉;透過穩定更多的已開放的染色質結構來避免其關閉結構狀態的存在。
3、鹼性染料反應不同
常染色質易被鹼性染料染成淺色，或對福爾根反應呈弱陽性。異染色質易被鹼性染料染成深色，或對福爾根反應呈陽性。