運算的分類單位 operational taxonomic unit 縮寫OTU,指在數量分類學方面作為物件的分類單位之總稱,有種、變種、個體等。在用群析的時候,根據相似係數值和由任意標準去歸納整理有可能的,因為也有與歷來分類單位的等級(rank)不一致的情況,所以使用了這個術語。
OTU,是指系統發生分析中的一個外部節點,是一個假定的分類單元;常見於動植物種類系統發育分析。例如 6 clone/2 OTUs 是指要進行系統分類分析的個體,即每2個待分析的個體包含6個克隆。
在微生物的免培養分析中經常用到,透過提取樣品的總基因組DNA,利用16S rRNA或ITS的通用引物進行PCR擴增,透過測序以後就可以分析樣品中的微生物多樣性,那怎麼區分這些不同的序列呢,這個時候就需要引入operational taxonomic units,一般情況下,如果序列之間,比如不同的 16S rRNA序列的相似性大於98%就可以把它定義為一個OTU,每個OTU對應於一個不同的16S rRNA序列,也就是每個OTU對應於一個不同的細菌(微生物)種。
透過OTU分析,就可以知道樣品中的微生物多樣性和不同微生物的丰度。同時透過OTU的稀有度分析,還可以看出你的測序量是否足夠反應樣品中的大部分微生物種,如果稀有度曲線趨於平穩就說明你的分析結果已經包括了樣品中的大部分微生物種,如果稀有度還在向上,就說明你的測序量不夠,你的結果沒有包括樣品中的大部分微生物種。
運算的分類單位 operational taxonomic unit 縮寫OTU,指在數量分類學方面作為物件的分類單位之總稱,有種、變種、個體等。在用群析的時候,根據相似係數值和由任意標準去歸納整理有可能的,因為也有與歷來分類單位的等級(rank)不一致的情況,所以使用了這個術語。
OTU,是指系統發生分析中的一個外部節點,是一個假定的分類單元;常見於動植物種類系統發育分析。例如 6 clone/2 OTUs 是指要進行系統分類分析的個體,即每2個待分析的個體包含6個克隆。
在微生物的免培養分析中經常用到,透過提取樣品的總基因組DNA,利用16S rRNA或ITS的通用引物進行PCR擴增,透過測序以後就可以分析樣品中的微生物多樣性,那怎麼區分這些不同的序列呢,這個時候就需要引入operational taxonomic units,一般情況下,如果序列之間,比如不同的 16S rRNA序列的相似性大於98%就可以把它定義為一個OTU,每個OTU對應於一個不同的16S rRNA序列,也就是每個OTU對應於一個不同的細菌(微生物)種。
透過OTU分析,就可以知道樣品中的微生物多樣性和不同微生物的丰度。同時透過OTU的稀有度分析,還可以看出你的測序量是否足夠反應樣品中的大部分微生物種,如果稀有度曲線趨於平穩就說明你的分析結果已經包括了樣品中的大部分微生物種,如果稀有度還在向上,就說明你的測序量不夠,你的結果沒有包括樣品中的大部分微生物種。