種子採收是種子生產的關鍵環節，特別是對於機械化採收，必須確定一個最佳時期，如果採收過早，後期種子的成熟度不夠，影響種子質量，如果採收過晚，早期種子就會很容易散落，從而影響種子的產量。對於機械採收，一般在主薹花序變成褐色，一級側枝花序開始轉變成褐色時進行，或者一級側枝花序變成褐色，二級側枝花序開始轉變成褐色時進行。目前，國內生產基地通常採用人工採收，而且可以分批採收。胡蘿蔔種子人工採收最佳時期是種子完全轉色，一般是花序第一朵小花開放之後50～55天才能完成，但不同品種或氣候條件，種子成熟期會有差異。

由於胡蘿蔔花序和種子的特殊性，機械化採收時需要採用專門採收機器，主要在於如何將種子從花序上脫落，並與雜質分離。一般採用機動採收機，首先將切下花序，運到一個大的旋轉鞭打容器中，將種子與花序分離。透過風扇和篩子將種子與雜質分開，種子進入收集容器中，雜質返回到地裡。國內主要採用人工採收方法，首先將成熟花序剪下並晾乾，採用胡蘿蔔脫揚機將種子從花序上脫落，透過網篩將花序、花梗去掉。由於胡蘿蔔種子帶有刺毛，容易相互粘在一起，影響後期包裝、播種等，並極易吸潮，影響其貯藏壽命，必須將其除去，可採用專門的搓毛機進行處理。

種子精選是非常重要過程，不僅可以提高種子質量、淨度，適合一些地區機械化播種要求，而且可以提高其商品價格。主要採用大型的風選機或比重機，有時可兩者結合，這樣可以將不同大小種子區分開。目前國外多數種子公司還採用包衣，可以防治種子自身病原菌以及早期的病害。