一個PCT專利申請要經歷國際階段和國家階段。國際申請先要進行國際階段程式的審查，然後進入國家階段程式審查。申請的提出、國際檢索和國際初步審查在國際階段完成，是否授予專利權的工作在國家階段由被指定的各個國家局完成。
國際階段
PCT國際專利申請的第一階段是國際階段。他包括國際申請的受理、形式審查、國際檢索和國際公佈等必經程式以及可選擇的國際初步審查程式。
中國個人或單位向中國專利局提出的國際申請,國際階段中除國際公佈由世界智慧財產權組織國際局統一進行外,其它程式都在中國專利局裡進行。
1、接受專利申請和對專利進行專利性審查；
PCT受理局將對受理的PCT申請的檔案進行形式審查，審查合格後則將國際PCT申請檔案分別送交世界智慧財產權組織國際局和國際檢索單位。
2、國際檢索
PCT專利申請提交後，在規定的時間內，受理國的專利局作為國際檢索單位將對PCT專利申請進行檢索，並做出國際檢索報告。
其中，國際檢索PCT專利申請提交後，在規定的時間內，中國專利局作為國際檢索單位將對PCT專利申請進行檢索，並作出國際檢索報告。該檢索報告在規定的時間內將盡快送交PCT專利申請人和世界智慧財產權組織國際局。
自國際申請日（或優先日）起滿18個月後，國際局將公佈PCT國際專利申請和國際檢索單位做出檢索報告，並將該申請連同檢索報告送交該PCT專利申請要求的“指定國”的專利局。
3、國際初步審查
《專利合作條約》規定，國際初步審查程式不是強制性的。參加條約的國家如果是受PCT第二章約束的，其申請人可以請求國際初步審查單位對其申請進行國際初步審查。
國際初步審查的目的是為了就該發明是否具有新穎性、創造性、和實用性提出初步的意見。該審查意見對各個“指定國”沒有任何約束力。但是，PCT規定的標準是當前國際上通用的標準，而且該審查意見是由為數不多的國際初步審查單位在國際檢索的基礎上做出的，所以該報告應當是比較可靠和可以依賴的。
在參加《專利合作條約》時，有些國家不受PCT第二章約束。申請人請求國際初步審查時，只能從受PCT第二章約束的指定國中選定一些使用國際初步審查結果的國家，這些國家被稱為“選定國”。
中國專利局作為國際初步審查單位對國際申請進行審查後，將提出國際初步審查報告送交世界智慧財產權組織國際局並由國際局轉交申請人，同時國際局還將國際初步審查報告送交該申請的“選定國”。
申請人可以依據中國專利局作出的國際檢索報告、國際初步審查結果，決定下一步的行動，即是否進入國家階段(向其他國家申請)。
國家階段
進入國家階段的程式不是自動發生的，必須由申請人來啟動。申請人必須在自優先權日30個月（在某些國家可能是20個月）內辦理進入指定國（或選定國）國家階段的手續：繳納國家費用，遞交翻譯成該國語言的國際申請的譯文。有些國家的國家法規定進入國家階段的期限晚於30個月（或20個月）。進入國家階段的期限是必須遵守的，即使國際初步審查報告尚未得到。在國際階段中沒有在自優先權日起十九個月內要求國際初步審查的國際申請，其進入國家階段（指定局）的期限是自優先權日起20個月；在自優先權日起十九個月內提出國際初步審查要求的國際申請。
國家階段在申請人希望獲得專利權的國家的專利局裡進行。他包括辦理進入國家階段的手續和在各指定局或選定局裡進行審批程式。
進入國家階段後，需要根據各國規定遞交國際申請檔案的譯本（該國的官方語言）和繳納規定的國家費用。然後由各國專利局按其專利法規規定對其進行審查，並決定是否授予專利權。
一個PCT專利申請要經歷國際階段和國家階段。國際申請先要進行國際階段程式的審查，然後進入國家階段程式審查。申請的提出、國際檢索和國際初步審查在國際階段完成，是否授予專利權的工作在國家階段由被指定的各個國家局完成。
國際階段
PCT國際專利申請的第一階段是國際階段。他包括國際申請的受理、形式審查、國際檢索和國際公佈等必經程式以及可選擇的國際初步審查程式。
中國個人或單位向中國專利局提出的國際申請,國際階段中除國際公佈由世界智慧財產權組織國際局統一進行外,其它程式都在中國專利局裡進行。
1、接受專利申請和對專利進行專利性審查；
PCT受理局將對受理的PCT申請的檔案進行形式審查，審查合格後則將國際PCT申請檔案分別送交世界智慧財產權組織國際局和國際檢索單位。
2、國際檢索
PCT專利申請提交後，在規定的時間內，受理國的專利局作為國際檢索單位將對PCT專利申請進行檢索，並做出國際檢索報告。
其中，國際檢索PCT專利申請提交後，在規定的時間內，中國專利局作為國際檢索單位將對PCT專利申請進行檢索，並作出國際檢索報告。該檢索報告在規定的時間內將盡快送交PCT專利申請人和世界智慧財產權組織國際局。
自國際申請日（或優先日）起滿18個月後，國際局將公佈PCT國際專利申請和國際檢索單位做出檢索報告，並將該申請連同檢索報告送交該PCT專利申請要求的“指定國”的專利局。
3、國際初步審查
《專利合作條約》規定，國際初步審查程式不是強制性的。參加條約的國家如果是受PCT第二章約束的，其申請人可以請求國際初步審查單位對其申請進行國際初步審查。
國際初步審查的目的是為了就該發明是否具有新穎性、創造性、和實用性提出初步的意見。該審查意見對各個“指定國”沒有任何約束力。但是，PCT規定的標準是當前國際上通用的標準，而且該審查意見是由為數不多的國際初步審查單位在國際檢索的基礎上做出的，所以該報告應當是比較可靠和可以依賴的。
在參加《專利合作條約》時，有些國家不受PCT第二章約束。申請人請求國際初步審查時，只能從受PCT第二章約束的指定國中選定一些使用國際初步審查結果的國家，這些國家被稱為“選定國”。
中國專利局作為國際初步審查單位對國際申請進行審查後，將提出國際初步審查報告送交世界智慧財產權組織國際局並由國際局轉交申請人，同時國際局還將國際初步審查報告送交該申請的“選定國”。
申請人可以依據中國專利局作出的國際檢索報告、國際初步審查結果，決定下一步的行動，即是否進入國家階段(向其他國家申請)。
國家階段
進入國家階段的程式不是自動發生的，必須由申請人來啟動。申請人必須在自優先權日30個月（在某些國家可能是20個月）內辦理進入指定國（或選定國）國家階段的手續：繳納國家費用，遞交翻譯成該國語言的國際申請的譯文。有些國家的國家法規定進入國家階段的期限晚於30個月（或20個月）。進入國家階段的期限是必須遵守的，即使國際初步審查報告尚未得到。在國際階段中沒有在自優先權日起十九個月內要求國際初步審查的國際申請，其進入國家階段（指定局）的期限是自優先權日起20個月；在自優先權日起十九個月內提出國際初步審查要求的國際申請。
國家階段在申請人希望獲得專利權的國家的專利局裡進行。他包括辦理進入國家階段的手續和在各指定局或選定局裡進行審批程式。
進入國家階段後，需要根據各國規定遞交國際申請檔案的譯本（該國的官方語言）和繳納規定的國家費用。然後由各國專利局按其專利法規規定對其進行審查，並決定是否授予專利權。