醫院感染是指住院病人在醫院內獲得的感染，包括在住院期間發生的感染和在醫院內獲得出院後發生的感染，但不包括入院前已開始或者入院時已處於潛伏期的感染。醫院工作人員在醫院內獲得的感染也屬醫院感染。廣義地講，醫院感染的物件包括住院病人、醫院工作人員、門急診就診病人、探視者和病人家屬等，這些人在醫院的區域裡獲得感染性疾病均可以稱為醫院感染，但由於就診病人、探視者和病人家屬在醫院的時間短暫，獲得感染的因素多而複雜，常難以確定感染是否來自醫院，故實際上醫院感染的物件主要是住院病人和醫院工作人員。

按感染部位分類

全身各器官、各部位都可能發生醫院感染，可分為呼吸系統醫院感染、手術部位醫院感染、泌尿系統醫院感染、血液系統醫院感染、面板軟組織醫院感染等等。

按病原體分類

可將醫院感染分為細菌感染、病毒感染、真菌感染、支原體感染、衣原體感染及原蟲感染等，其中細菌感染最常見。每一類感染又可根據病原體的具體名稱分類，如柯薩奇病毒感染、銅綠假單孢菌感染、金黃色葡萄球菌感染等。

1．內源性感染：又稱自身感染，是指各種原因引起的患者在醫院內遭受自身固有病原體侵襲而發生的醫院感染。病原體通常為寄居在患者體內的正常菌群，通常是不致病的，但當個體的免疫功能受損、健康狀況 不佳或抵抗力下降時則會成為條件致病菌發生感染。

2．外源性感染：又稱交叉感染，是指各種原因引起的患者在醫院內遭受非自身固有的病原體侵襲而發生的感染。病原體來自患者身體以外的個體、環境等。包括從個體到個體的直接傳播和透過物品、環境而引起的間接感染。