首先糾正題主一個認識，權力從來沒有集中在內閣，也沒有分散在六部，朱元璋廢宰相，是把宰相的權力集中在皇帝手中，而非內閣和六部，這一作用的直接結果就是皇權的強化與穩固，當然也帶來了一些弊端，就是皇帝變得繁忙了，累了。

雍正設立軍機處，表面上看，是對清朝秘密制度的一種延伸，實際上不過也是一種穩固皇權的方式，只是他這個皇權是少數民族政權，是部族政權，全是私心，防著漢人，所以不加密不行。

在題主看來，皇權與相權之爭，只是皇帝強弱的問題，完全拋開了制度本身，我只能說，你沒能參透廢宰相的本質而已。你認為廢宰相是為了能讓皇帝為所欲為，那麼你就錯了，皇帝廢不廢宰相，他都能為所欲為(至少理論上可以這樣說)，廢宰相的本質是為了穩固皇權，擺脫相權的威脅和侵奪，從而江山永固，一姓萬年。

這裡要說明一個問題，即皇權與相權在制度上的關係。你要以為皇權與相權之爭，只是皇帝個人強弱的問題而沒有制度的原因就大錯特錯了。的確，皇帝的強弱是能影響權力的天平，但根源還是在制度上。制度是什麼？制度是調節社會交換的基準器，是人類社會任何階段都必須存在的東西，所有的權力都附著於制度而存在，任何人包括皇帝都不可能超越制度。

你要說朱元璋為所欲為，想廢宰相就廢了，是強勢皇帝，但是他只是廢了宰相，並沒有廢了全部官員制度，只能算在制度下的權力調整，而不能說他是為所欲為的，相同的道理在雍正的軍機處是一樣的。

這個世界是個交換的世界，對於人類社會也同樣適用，最聰明的一句話就是:天下沒有白吃的午餐！你興一利，必然出一弊，你廢一事，自然就會多一事，天下從來沒有隻有好處，不用買單的好事！同樣的，廢宰相也是一樣，宰相廢了，皇權穩固了，但是宰相要乾的活還得有人幹，既然權力到了皇帝這，那麼這個活也只能皇帝來做了，皇帝做不過來，就讓內閣來搭把手，不放心內閣，就催生出司禮監與內閣一起來處理，但總其權者是皇帝。

其實這與漢代的內外朝制度，隋唐的群相制度根本上講是一致的東西，都是表面上將權力分散給不同的人，實際上是用制衡之術將權力集中在皇帝之手，只是明代這種制度更加集權有伸縮度罷了，因為從制度上講，內閣不過是皇帝秘書處，司禮監就更是一群奴才，就是把擁有權力的事情下發給他們做，他們也不會成為群相那樣地位的人，也不用內外朝的制衡而已。說明人越來越聰明瞭，將制度的複雜權變演變到無以復加的程度了，權力從而獲得高度有效的集中，這種集中又有效的穩固了皇權。

因為權力必須在制度上執行，才能在人類社會發揮作用，所以在有為的皇帝要想強勢做事也必須對制度做出妥協，脫離了制度的權力不過是一種空想罷了，而朱元璋廢宰相與雍正設立軍機處，是在制度下的一種權力調整，穩固了皇權，也讓明清的皇帝成為最為繁忙最為勞累的皇帝，一切都是交換而已。

歷史上常說：“太祖、成祖廢丞相，設內閣，雍正設立軍機處加強皇權。”其實主要一切制度的設立都是取決於還皇帝本身，強勢的皇帝獨攬政權，一切官員的任免盡在帝心；弱勢的皇帝則是依靠制度來加強皇權。但這並不是說朱元璋是一個弱勢的皇帝，而是取決於朱元璋多疑、殘暴的本性。

其實這種說法並不正確，明朝的內閣實際上建立在建文四年，朱元璋時期其實只是廢丞相，設定首輔大學士，可以看做是內閣的前身，但並不是內閣，因此首先糾正一下。

明朝內閣首創於建文時期，只是皇帝的諮政機構，此後權利逐漸增大，後來形成明朝的行政中樞。內閣輔臣的人數為一人至七人不等，外出辦事時多自稱“閣部”。

最初明朝的內閣只是皇帝的諮詢機構，內閣大學時也只是顧問身份，直接聽命於皇帝，沒有參政議政的權利。但是到了明仁宗、明宣宗時期，地位日漸提高；明世宗時期，內閣儼然成為“丞相”，甚至碾壓六部。

個人認為，明朝內閣強化了君主專制制度，內閣制度隨著皇權的高度強化而建立，權利的來源，由君主所授予，對軍權的制約作用有限，事無大小，捏個都秉承君主的旨意行事，於是成了君主專制的工具。從明朝中晚期的歷史可以看出，只要內閣中人才濟濟，皇帝不能胡來，明朝時即使皇帝不不上朝理政，國家機器也能維持正常運轉。

至於六部，明清兩朝基本上區別不大，明朝的各部尚書也是各司其職，清朝的各部尚書和明朝不同點就是每部尚書有兩名。雖然六部制度表面上是分散皇權的制度，但是實際上又未嘗不是加強皇權呢！

　明朝的內閣和清朝的軍機處之間的區別，要從中國古代的宰相制度說起。

從秦始皇的時代，確立了中央集權的專制皇權。皇帝是國家元首，但他不可能一個人就能治理整個國家，他需要完善的政府機構。而政府機構的最高官職，就是丞相，丞相是政府首腦。但是，作為專制皇權，總是渴望權力無限集中，而不能容忍任何對皇權的挑戰和侵奪。從漢朝建立以後，皇帝們總是在想著法兒地剝奪相權。在漢武帝的時期，甚至當丞相成了高風險的行業，漢武帝先後殺了五個丞相。但是，皇帝又不可能離開丞相一個人幹。於是一直到明朝初年，無論丞相制度如何變遷，都體現了皇權對相權的控制。但丞相制度始終存在著。

不過，到了明朝初年，朱元璋建立明朝後，起初也是沿襲了前代的制度，中央設立了左右丞相來作為皇帝的重要輔佐。但是在發生了丞相胡惟庸“謀反”案件之後，朱元璋大怒，下令廢除宰相制度，今後大明朝不再設立宰相，任何人膽敢提議設宰相，處以極刑。就這樣，明朝的專制集權達到了頂峰。朱元璋以皇帝而兼任丞相，要求各部門直接向皇帝本人負責。於是，朱元璋成了空前勞累的皇帝。他在拼命支撐了一段時間之後，終於受不了了，他需要找幫手。但是，他不想改變此前不設丞相的決定。他下令選擇了一些品級非常低的文人來幫助自己起草文書。這些人地位低，好控制。後來，到明成祖朱棣的時候，就逐漸演變成了明朝的內閣制度。

從明英宗以後，內閣制度逐漸成熟，內閣的權力也開始變大。內閣設大學士數人，到明嘉靖年間，內閣大學士的品級超過了六部尚書。內閣大學士中以一人為首，成為內閣首輔。到萬曆初年，張居正擔任內閣首輔的時候，內閣的權力就達到了頂峰，內閣大學士在很大程度上發揮了昔日丞相發揮的作用。

但是，內閣大學士並不是丞相。一則說，有朱元璋的祖制在，他們都沒有宰相之名。張居正的時代裡，他的政敵就曾經彈劾他以宰相自居。二則說，他們只是相當於皇帝的秘書，最終的決策權並不在他們這裡。各地的奏章送到中央之後，先由內閣草擬處理意見，成為票擬。然後送給皇帝，皇帝用紅顏色的筆來批覆是否按照內閣的意見來辦理，成為硃批。後來，一些皇帝比較懶惰，沒工夫去看奏章，乾脆讓自己身邊的宦官代替自己去批覆，於是，司禮監秉筆大太監就掌握了巨大的權力，比如魏忠賢等人。

清朝建立以後，在很大程度上繼承了明朝的制度，也包括內閣制度。到清康熙初年，內閣制度逐漸定型。乾隆十三年十二月初四（1749年1月22日），定內閣大學士以三殿三閣（保和殿、文華殿、武英殿、文淵閣、東閣、體仁閣）系銜，共四員，滿漢各二員。內閣大學士官居一品，從名義上位極人臣。但是，在清朝內閣的權力卻在逐漸降低。尤其是在雍正設立軍機處之後，內閣更成了擺設，只是負責處理政府日常公文，而沒有權力接觸到朝廷重要機要事務。不過，內閣始終沒有裁撤，一直到清朝末年，內閣一直都存在。而內閣大學士也成了極高的榮譽性職務，比如李鴻章擔任文華殿大學士二十多年，實際上李鴻章很少在北京，自然不會去實際過問內閣事務。

雍正初年，由於需要對西北用兵，雍正皇帝在隆宗門內設軍機房，協助皇帝處理緊急軍務。後來逐漸演變成了軍機處。軍機處設立軍機大臣數人，一般由朝中重臣兼任，其中資歷最深者稱為首席軍機大臣。軍機處起初僅處理軍務，後來其他重要事務也都其負責處理。我們前面說，內閣相當於皇帝的秘書。而軍機處則是相當於皇帝的機要秘書。重大事務都是皇帝哥幾個軍機大臣商議處理。經軍機處處理的事務，一般都不會公開，軍機大臣根據皇帝的意見草擬意見，皇帝紅筆改定之後，交軍機處發出，成為廷寄，直接發給具體辦事人員。而經過內閣發出的聖旨，都是不涉密的，都是可以公開的，稱為明發上諭。內閣大學士只有兼任軍機大臣，才會接觸到朝廷機密。比如李鴻章雖然擔任文華殿大學士二十多年，位極人臣。但他始終沒有兼任過軍機大臣，也就是說，李鴻章根本沒有進入清朝權力運作的核心層。

到了清朝末年，內外都在呼籲變革，最終1911年，清朝政府決定撤銷軍機處，改行責任內閣。原來的內閣和軍機處也就推出了歷史舞臺。