001 雲霄飛車殺人事件 (琴酒 、伏特加出場，工藤新一喝下藥變小)
002 董事長千金誘拐事件(阿笠博士知道他的身份，工藤新一化名為江戶川柯南）
004大都會暗號地圖藏寶事件（少年偵探團成立）
005 新幹線大爆破事件(被柯南懷疑的兩個黑衣爆炸嫌犯並非黑暗組織)
013 奇怪的尋親殺人事件（宮野明美初登場）
柯南主要人物043 江戶川柯南誘拐事件(工藤夫婦知道新一變小)
049 外交官殺人事件（下集）(服部平次登場，工藤新一第一次恢復)
054 電玩公司殺人事件 (龍舌蘭出現，被炸死)
058 福爾摩斯迷殺人事件（下集）(平次知道柯南的身份，二人成摯友)
128 黑暗組織10億搶劫事件 （宮野明美死亡，黑衣組織浮出水面）
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件 (灰原哀出場，說出藥名是APTX4869）
162 飛天密室 工藤新一最初的事件 （小蘭回憶工藤新一最初的事件）
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出醫生登場）
176 與黑暗組織的再會（灰原篇）(皮斯克出場，任務：暗殺)
177 與黑暗組織的再會（柯南篇）(宮野志保第一次恢復，皮斯克知其身份）
178 與黑暗組織的再會（解決篇）（皮斯克被琴酒滅口，貝爾摩德出場）
188 危命的復活-洞窟內的偵探團
189 危命的復活-負傷的名偵探
190 危命的復活-第三種選擇 （工藤新一第二次恢復）
191 危命的復活-黑衣騎士
192 危命的復活-新一回來了
193 危命的復活-約定的場所
226 格鬥遊戲的陷阱（上集） （朱蒂出場）
230 謎一樣的乘客（上集） （赤井秀一出場）
242 元太的災難（提到GIN是左撇子)
254 本廳刑事戀愛物語4（下集）（新出醫生可能發現了柯南分析案情並利用變聲器）
258 來自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布萊克出場）
259 來自芝加哥的男子（下集） （稱呼柯南為福爾摩斯、Cool guy）
269 犯罪的遺物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盜，目標直指柯南）
270 犯罪的遺物 （下集）
272 急忙掩飾的忽略（下集） （柯南被懷疑，形勢危急）
274 幽靈屋的真相（上集）（新出醫生住所，柯南也認為新出聽到了柯南分析案情）
277 英語教師VS西部名偵探（上集） （柯南叫博士調查克莉斯·賓亞德）
284 中華街雨中的似曾相識（上集） （小蘭回憶起包含克里斯和秀一的紐約的事情）
285 中華街雨中的似曾相識（下集）
286 工藤新一紐約事件（事件篇） （知道克莉斯就是美國已故大明星莎隆·賓亞德的女兒。）
287 工藤新一紐約事件（推理篇）
288 工藤新一紐約事件（解決篇）（貝爾摩德扮殺人魔登場，赤井秀一對其進行追蹤。蘭知道秀一是FBI。結尾處，莎隆對有希子說：我也有我的angel了，為後來作鋪墊）
307 無聲的證據（前篇）（再次抓住黑暗組織的尾巴）
308 無聲的證據（後篇）（下一集的引子）
309 與黑暗組織的接觸（交涉篇）（柯南得知組織在僱傭電腦工程師編寫一個神秘的系統軟體）
310 與黑暗組織的接觸（追蹤篇）（對板倉的日記進行詳細研究，獲得情報）
311 與黑暗組織的接觸（決死篇）（追蹤組織，險些被Gin發現。灰原哀對赤井秀一有感覺）
335 東京現影所的秘密（前篇） （灰原被跟蹤，山雨欲來）
339 四輛保時捷（後篇）（朱蒂、赤井發現灰原與黑衣組織有聯絡、貝爾摩德知道灰原的身份）
340 廁所裡隱藏的秘密（前篇）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（後篇）（小蘭發現茱蒂老師公寓牆後的照片，引起對朱蒂身份的懷疑，為下一集中從朱蒂的後車廂出現，並救下灰原，做出了鋪墊）
345 直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事件 （朱蒂、赤井、詹姆斯身份為FBI；貝爾摩德對柯南承諾：放棄雪莉；解釋了286-288工藤新一NY事件的全部線索）
346 尋找P股上的印記（前篇） （為上一集善後，茱蒂希望哀參加證人保護計劃）
347 尋找P股上的印記（後篇） （哀拒絕參加證人保護計劃）
361 帝丹高中的學校怪談（前篇）（真正的新出醫生迴歸）
375 星星和香菸的暗號（後篇）（柯南聽到山村警官給他奶奶打電話的按鍵音和貝爾摩德給Boss發簡訊時的按鍵音相似，推測boss在鳥取縣）
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音(尾奏曲) (boss的手機號是七個孩子的旋律）
394 怪屋大冒險(封印篇)（boss的手機號被柯南破解，哀似乎有些瞭解boss）
395 怪屋大冒險(操縱篇)
396 怪屋大冒險(解決篇)
425 被組織的魔掌觸碰的瞬間 （水無憐奈、基安蒂、科恩出場，烽煙再起）
429 無法回到從前的兩人(前篇) （本堂瑛佑出場）
462 黑暗組織的影子 年幼的目擊者 （本堂瑛佑行事奇妙，引起柯南注意）
463 黑暗組織的影子 奇妙的照明
464 黑暗組織的影子 謎樣的高額報酬
465 黑暗組織的影子 珍珠的流星 （結尾提到貝爾摩德的口頭禪）
最精彩的一個系列，不可不看
491 紅與黑的碰撞 開端
492紅與黑的碰撞 血緣
493 紅與黑的碰撞 絕叫
494紅與黑的碰撞 冥土
495 紅與黑的碰撞 昏睡
496 紅與黑的碰撞 侵入
497 紅與黑的碰撞 覺醒
498 紅與黑的碰撞 攪亂
499 紅與黑的碰撞 偽裝
500 紅與黑的碰撞 遺言
501 紅與黑的碰撞 嫌疑
502 紅與黑的碰撞 潔白
503 紅與黑的碰撞 決死
504 紅與黑的碰撞 殉職
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（後篇）（本堂瑛佑知道了柯南是工藤新一，說FBI發生了事情時，柯南一邊笑，一邊說：嗯，沒事。使赤井秀一的死更假了……）
509 紅白黃色與偵探團（水無憐奈給朱蒂傳遞資訊，組織派出一名代號為波本的成員專門調查雪莉。衝矢昴出場，灰原哀察覺出異樣）
510 柯南VS W暗號之謎 （案子破解，柯南把家借給衝矢昴，並說：作為回報，要好好看家；昴成功躲過蘭的攻擊，並偽裝的像被踢到一樣，搏擊技術應該不錯）
511 推理對決！新一VS衝矢昴（漂亮的推理同步直播，衝矢昴推理能力和柯南不相上下；昴喝波本酒）
521 殺人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和蘭的眼淚（工藤新一第三次恢復）
525 令人憎恨的藍色火花（後篇）（順利破案，柯南和昴配合默契）
542 讓魚兒消失的一角巖(前篇)（衝矢昴代替博士來接少年偵探團，遇上案件）
543 讓魚兒消失的一角巖(後篇)（衝矢昴的言語直逼灰原，灰原再次感到壓迫感；結尾處，灰原盯著工藤家說：那個人、果然是……）
563 偵探團VS強盜團(騷亂)（朱蒂被捲入強盜案）
564 偵探團VS強盜團(沉默)（疑似秀一的人登場，並用右手開槍救了柯南；少年偵探團知道朱蒂身份)
578 召喚危機的紅色預兆（FBI在尋找秀一；衝矢昴也出現在米花大廈）
579 黑與13的暗示（疑似秀一的男子和衝矢昴同時出現，局勢再次混亂，赤井之死遭疑）
580 緊迫黑色的時限（Kir被懷疑身份，琴酒準備讓基安蒂狙擊疑似秀一的人）
581 紅色的搖擺目標（衝矢昴稱組織為‘笨狼’，對柯南似乎很瞭解，言語中好像對柯南傳遞了某些資訊似的；狙擊失敗，boss命令撤退）
001 雲霄飛車殺人事件 (琴酒 、伏特加出場，工藤新一喝下藥變小)
002 董事長千金誘拐事件(阿笠博士知道他的身份，工藤新一化名為江戶川柯南）
004大都會暗號地圖藏寶事件（少年偵探團成立）
005 新幹線大爆破事件(被柯南懷疑的兩個黑衣爆炸嫌犯並非黑暗組織)
013 奇怪的尋親殺人事件（宮野明美初登場）
柯南主要人物043 江戶川柯南誘拐事件(工藤夫婦知道新一變小)
049 外交官殺人事件（下集）(服部平次登場，工藤新一第一次恢復)
054 電玩公司殺人事件 (龍舌蘭出現，被炸死)
058 福爾摩斯迷殺人事件（下集）(平次知道柯南的身份，二人成摯友)
128 黑暗組織10億搶劫事件 （宮野明美死亡，黑衣組織浮出水面）
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件 (灰原哀出場，說出藥名是APTX4869）
162 飛天密室 工藤新一最初的事件 （小蘭回憶工藤新一最初的事件）
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出醫生登場）
176 與黑暗組織的再會（灰原篇）(皮斯克出場，任務：暗殺)
177 與黑暗組織的再會（柯南篇）(宮野志保第一次恢復，皮斯克知其身份）
178 與黑暗組織的再會（解決篇）（皮斯克被琴酒滅口，貝爾摩德出場）
188 危命的復活-洞窟內的偵探團
189 危命的復活-負傷的名偵探
190 危命的復活-第三種選擇 （工藤新一第二次恢復）
191 危命的復活-黑衣騎士
192 危命的復活-新一回來了
193 危命的復活-約定的場所
226 格鬥遊戲的陷阱（上集） （朱蒂出場）
230 謎一樣的乘客（上集） （赤井秀一出場）
242 元太的災難（提到GIN是左撇子)
254 本廳刑事戀愛物語4（下集）（新出醫生可能發現了柯南分析案情並利用變聲器）
258 來自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布萊克出場）
259 來自芝加哥的男子（下集） （稱呼柯南為福爾摩斯、Cool guy）
269 犯罪的遺物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盜，目標直指柯南）
270 犯罪的遺物 （下集）
272 急忙掩飾的忽略（下集） （柯南被懷疑，形勢危急）
274 幽靈屋的真相（上集）（新出醫生住所，柯南也認為新出聽到了柯南分析案情）
277 英語教師VS西部名偵探（上集） （柯南叫博士調查克莉斯·賓亞德）
284 中華街雨中的似曾相識（上集） （小蘭回憶起包含克里斯和秀一的紐約的事情）
285 中華街雨中的似曾相識（下集）
286 工藤新一紐約事件（事件篇） （知道克莉斯就是美國已故大明星莎隆·賓亞德的女兒。）
287 工藤新一紐約事件（推理篇）
288 工藤新一紐約事件（解決篇）（貝爾摩德扮殺人魔登場，赤井秀一對其進行追蹤。蘭知道秀一是FBI。結尾處，莎隆對有希子說：我也有我的angel了，為後來作鋪墊）
307 無聲的證據（前篇）（再次抓住黑暗組織的尾巴）
308 無聲的證據（後篇）（下一集的引子）
309 與黑暗組織的接觸（交涉篇）（柯南得知組織在僱傭電腦工程師編寫一個神秘的系統軟體）
310 與黑暗組織的接觸（追蹤篇）（對板倉的日記進行詳細研究，獲得情報）
311 與黑暗組織的接觸（決死篇）（追蹤組織，險些被Gin發現。灰原哀對赤井秀一有感覺）
335 東京現影所的秘密（前篇） （灰原被跟蹤，山雨欲來）
339 四輛保時捷（後篇）（朱蒂、赤井發現灰原與黑衣組織有聯絡、貝爾摩德知道灰原的身份）
340 廁所裡隱藏的秘密（前篇）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（後篇）（小蘭發現茱蒂老師公寓牆後的照片，引起對朱蒂身份的懷疑，為下一集中從朱蒂的後車廂出現，並救下灰原，做出了鋪墊）
345 直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事件 （朱蒂、赤井、詹姆斯身份為FBI；貝爾摩德對柯南承諾：放棄雪莉；解釋了286-288工藤新一NY事件的全部線索）
346 尋找P股上的印記（前篇） （為上一集善後，茱蒂希望哀參加證人保護計劃）
347 尋找P股上的印記（後篇） （哀拒絕參加證人保護計劃）
361 帝丹高中的學校怪談（前篇）（真正的新出醫生迴歸）
375 星星和香菸的暗號（後篇）（柯南聽到山村警官給他奶奶打電話的按鍵音和貝爾摩德給Boss發簡訊時的按鍵音相似，推測boss在鳥取縣）
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音(尾奏曲) (boss的手機號是七個孩子的旋律）
394 怪屋大冒險(封印篇)（boss的手機號被柯南破解，哀似乎有些瞭解boss）
395 怪屋大冒險(操縱篇)
396 怪屋大冒險(解決篇)
425 被組織的魔掌觸碰的瞬間 （水無憐奈、基安蒂、科恩出場，烽煙再起）
429 無法回到從前的兩人(前篇) （本堂瑛佑出場）
462 黑暗組織的影子 年幼的目擊者 （本堂瑛佑行事奇妙，引起柯南注意）
463 黑暗組織的影子 奇妙的照明
464 黑暗組織的影子 謎樣的高額報酬
465 黑暗組織的影子 珍珠的流星 （結尾提到貝爾摩德的口頭禪）
最精彩的一個系列，不可不看
491 紅與黑的碰撞 開端
492紅與黑的碰撞 血緣
493 紅與黑的碰撞 絕叫
494紅與黑的碰撞 冥土
495 紅與黑的碰撞 昏睡
496 紅與黑的碰撞 侵入
497 紅與黑的碰撞 覺醒
498 紅與黑的碰撞 攪亂
499 紅與黑的碰撞 偽裝
500 紅與黑的碰撞 遺言
501 紅與黑的碰撞 嫌疑
502 紅與黑的碰撞 潔白
503 紅與黑的碰撞 決死
504 紅與黑的碰撞 殉職
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（後篇）（本堂瑛佑知道了柯南是工藤新一，說FBI發生了事情時，柯南一邊笑，一邊說：嗯，沒事。使赤井秀一的死更假了……）
509 紅白黃色與偵探團（水無憐奈給朱蒂傳遞資訊，組織派出一名代號為波本的成員專門調查雪莉。衝矢昴出場，灰原哀察覺出異樣）
510 柯南VS W暗號之謎 （案子破解，柯南把家借給衝矢昴，並說：作為回報，要好好看家；昴成功躲過蘭的攻擊，並偽裝的像被踢到一樣，搏擊技術應該不錯）
511 推理對決！新一VS衝矢昴（漂亮的推理同步直播，衝矢昴推理能力和柯南不相上下；昴喝波本酒）
521 殺人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和蘭的眼淚（工藤新一第三次恢復）
525 令人憎恨的藍色火花（後篇）（順利破案，柯南和昴配合默契）
542 讓魚兒消失的一角巖(前篇)（衝矢昴代替博士來接少年偵探團，遇上案件）
543 讓魚兒消失的一角巖(後篇)（衝矢昴的言語直逼灰原，灰原再次感到壓迫感；結尾處，灰原盯著工藤家說：那個人、果然是……）
563 偵探團VS強盜團(騷亂)（朱蒂被捲入強盜案）
564 偵探團VS強盜團(沉默)（疑似秀一的人登場，並用右手開槍救了柯南；少年偵探團知道朱蒂身份)
578 召喚危機的紅色預兆（FBI在尋找秀一；衝矢昴也出現在米花大廈）
579 黑與13的暗示（疑似秀一的男子和衝矢昴同時出現，局勢再次混亂，赤井之死遭疑）
580 緊迫黑色的時限（Kir被懷疑身份，琴酒準備讓基安蒂狙擊疑似秀一的人）
581 紅色的搖擺目標（衝矢昴稱組織為‘笨狼’，對柯南似乎很瞭解，言語中好像對柯南傳遞了某些資訊似的；狙擊失敗，boss命令撤退）