基因互作是指非等位基因之間透過相互作用影響同一性狀表現的現象。廣義上，基因互作可分為基因內互作和基因間互作。基因內互作是指等位基因間的顯隱性作用。基因間互作是指不同位點非等位基因之間的相互作用，表現為互補，抑制，上位性等。

基因互作：雞冠的形狀很多，除常見的單冠外，還有胡桃冠、玫瑰冠和豌豆冠等

互補效應：子一代自交，子二代中應該9/16C_P_，3/16C_pp，3/16ccP_，1/16ccpp，由於顯性基因C與顯性基因P間的互補作用，只有9/16 C_P_在表型上是紅花，其餘的7/16都是白

積加作用：是指兩種顯性基因同時存在時產生一種性狀，單獨存在 時，分別表現相似的性狀。

例如，南瓜有不同的果形，圓球形對扁盤形為隱性，長圓形對圓球形為隱性。如果用兩種不同基因型的圓球形品種雜交，F1產生扁盤形， F2出現三種果形：9/16扁盤形，6/16圓球形，1/16長圓形花，在這裡C與P是互補基因

重疊作用：是指不同對基因互作時，對錶現型產生相同的影響，F2 產生15∶1的比例。這類表現相同作用的基因，稱為重疊基因。

例：將薺菜三角形蒴果與卵圓形蒴果植株雜交，F1全是三角形蒴果。 F2分離為 15/16三角形蒴果∶1/16卵形蒴果