當位於不同染色體上的非等位基因影響同一性狀時，它們之間也可能產生相互作用，其作用方式多種多樣，包括：互補基因（complementarygenes）基因互作（geneinteraction）修飾基因（modifiergene）上位效應（epistasis）疊加作用（duplicateeffect）1.互補基因（complementarygenes）若干個非等位基因只有同時存在時，才出現某一性狀，其中任何一個基因發生突變時都會導致同一突變性狀。孟德爾比率為9:7。互補基因的相互作用機制是一系列首位相接的生化反應，即同一代謝途徑中催化各步反應的酶的編碼基因之間的相互關係。2.基因互作（geneinteraction）兩對等位基因相互作用，各控制一種性狀，同時存在時出現一種新的性狀。孟德爾比率為9:3:3:1,但是不同於一般自由組合。3.修飾基因（modifiers）可影響其他基因的表型效應的基因稱為修飾基因。包括：強化基因(intensifiers)：A加強B的表型效應限制基因(restrictiongene)：A限制B抑制基因(inhibitors)：A完全抑制B例1：香豌豆(Lathyrusoporatus)花色的遺傳，由C/c和R/r兩對基因控制，C,R為紅花基因，c,r為白花基因.只有當C,R都存在時，才開紅花，否則為白花。C、R為互補基因。另一對基因D/d也影響花的顏色，紅花植株(C-R-)若有dd基因型，則它的花的顏色比基因型為DD或Dd的植株要藍一些。d基因是紅花基因C、R的隱性修飾基因。這是因為dd植株的細胞液PH值比DD或Dd植株要高一些(平均升高0.6),使細胞液偏鹼性(花青素在酸性環境為紅色，鹼性呈藍色)。4.上位效應（epistasis）一對等位基因掩蓋另一對等位基因的效應，也稱為異位顯性，掩蓋者為上位基因(epistaticgene)，被掩蓋者為下位基因(hypostaticgene)，分為:隱性上位(Recessiveepistasis)顯性上位(Dominantepistasis)5.疊加作用（duplicateeffect）兩對等位基因決定同一性狀的表達，只要存在其中之一即可表現該性狀。孟德爾比率為15∶1。
當位於不同染色體上的非等位基因影響同一性狀時，它們之間也可能產生相互作用，其作用方式多種多樣，包括：互補基因（complementarygenes）基因互作（geneinteraction）修飾基因（modifiergene）上位效應（epistasis）疊加作用（duplicateeffect）1.互補基因（complementarygenes）若干個非等位基因只有同時存在時，才出現某一性狀，其中任何一個基因發生突變時都會導致同一突變性狀。孟德爾比率為9:7。互補基因的相互作用機制是一系列首位相接的生化反應，即同一代謝途徑中催化各步反應的酶的編碼基因之間的相互關係。2.基因互作（geneinteraction）兩對等位基因相互作用，各控制一種性狀，同時存在時出現一種新的性狀。孟德爾比率為9:3:3:1,但是不同於一般自由組合。3.修飾基因（modifiers）可影響其他基因的表型效應的基因稱為修飾基因。包括：強化基因(intensifiers)：A加強B的表型效應限制基因(restrictiongene)：A限制B抑制基因(inhibitors)：A完全抑制B例1：香豌豆(Lathyrusoporatus)花色的遺傳，由C/c和R/r兩對基因控制，C,R為紅花基因，c,r為白花基因.只有當C,R都存在時，才開紅花，否則為白花。C、R為互補基因。另一對基因D/d也影響花的顏色，紅花植株(C-R-)若有dd基因型，則它的花的顏色比基因型為DD或Dd的植株要藍一些。d基因是紅花基因C、R的隱性修飾基因。這是因為dd植株的細胞液PH值比DD或Dd植株要高一些(平均升高0.6),使細胞液偏鹼性(花青素在酸性環境為紅色，鹼性呈藍色)。4.上位效應（epistasis）一對等位基因掩蓋另一對等位基因的效應，也稱為異位顯性，掩蓋者為上位基因(epistaticgene)，被掩蓋者為下位基因(hypostaticgene)，分為:隱性上位(Recessiveepistasis)顯性上位(Dominantepistasis)5.疊加作用（duplicateeffect）兩對等位基因決定同一性狀的表達，只要存在其中之一即可表現該性狀。孟德爾比率為15∶1。