攻略；
捷克羅姆·雷希拉姆是版本限定的精靈，黑2版可以獲得捷克羅姆，白2版可以獲得雷希拉姆。
通關後，在冠軍之路遇到N的索羅亞克，跟隨它前往N的城堡，打敗城堡內的N後獲得暗石黑2或光石白2。
帶著暗石或光石前往龍螺旋之塔，在塔頂與捷克羅姆黑2或雷希拉姆白2發生戰鬥。
暗黑酋雷姆與焰白酋雷姆是酋雷姆與捷克羅姆或雷希拉姆合體後產生的精靈。
在巨大洞穴捉到酋雷姆後，獲得酋雷姆的形態轉換道具基因之楔。
在隊伍中存在酋雷姆與捷克羅姆或雷希拉姆的情況下，對酋雷姆使用基因之楔，再選擇捷克羅姆或雷希拉姆，合體出暗黑酋雷姆或焰白酋雷姆。
在隊伍中有空位的情況下，對暗黑酋雷姆或焰白酋雷姆再次使用基因之楔，可以讓合體的兩隻精靈分離。
暗黑酋雷姆合體成功時獲得專用技能冰結電擊，焰白酋雷姆合體成功時獲得專用技能冰冷閃光，分離後技能消失。
基因之楔分別有合體與分離兩個效果，在進行合體或分離後切換，所以同一時間只能存在一隻暗黑酋雷姆或焰白酋雷姆。
在一週目劇情中，勾帕路翁首次在6號路出現，但並未發生戰鬥。
之後勾帕路翁在13號路、代拉基翁在22號路、畢力吉翁在11號路出現，發生戰鬥。
通關之後從菊老大之路前往地底遺蹟。
調查地底遺蹟內室的石像，可以得到提示，在白天與夜晚分別可以看清不同的提示。
白天的提示是：從眼珠開始，向下6、向右●，調查該位置。
夜晚的提示是：從眼珠開始，向右9、向下●，調查該位置。
退回外室，從地上的圓心圖案開始，調查指定位置，開啟機關。
再次進入，調查中央的石像，透過神秘的門進入巖山之間，與雷吉洛克發生戰鬥。
雷吉奇卡斯的實際位置位於螺旋山，可經過菊老大之路前往。需途經螺旋山凍結的岩石，隊伍中攜帶雷吉洛克、雷吉艾斯與雷吉斯奇魯，與雷吉奇卡斯對話可以發生戰鬥。
通關之後，前往夢的遺址，在入口遇到拉帝亞斯白2或拉帝歐斯黑2。
拉帝亞斯或拉帝歐斯在見面之後會向內移動，追趕多次之後發生戰鬥。
如果追趕中途切換地圖，拉帝亞斯或拉帝歐斯會重新回到入口。
捕獲拉帝亞斯或拉帝歐斯後，獲得心之水珠。
通關之後，從20號路南部前往心之空洞，遇到紅豆杉博士。
與紅豆杉博士對話，由克希、艾姆利多、亞克諾姆出現並飛走了。
由克希會在七寶市博物館門前、艾姆利多在天堂之塔頂層、亞克諾姆出現在23號路固定位置出現。
只有靠近指定地點調查，隱身的由克希、艾姆利多或亞克諾姆才會出現併發生戰鬥。
在18號路尋找火山基石。
攜帶火山基石前往反轉山最深處，與席多藍恩發生戰鬥。
在陌生人之屋尋找新月之羽。
通關後，攜帶新月之羽前往奇妙之橋，克雷色利亞出現。
龍捲雲、雷電雲與土地雲只能在口袋妖怪AR搜尋器中捕捉。
帶著口袋妖怪AR搜尋器捕捉的土地雲前往豐饒之社，可以獲得形態轉換道具映照之鏡，使龍捲雲、雷電雲與土地雲在靈獸形態與化身形態之間切換。
攻略；
捷克羅姆·雷希拉姆是版本限定的精靈，黑2版可以獲得捷克羅姆，白2版可以獲得雷希拉姆。
通關後，在冠軍之路遇到N的索羅亞克，跟隨它前往N的城堡，打敗城堡內的N後獲得暗石黑2或光石白2。
帶著暗石或光石前往龍螺旋之塔，在塔頂與捷克羅姆黑2或雷希拉姆白2發生戰鬥。
暗黑酋雷姆與焰白酋雷姆是酋雷姆與捷克羅姆或雷希拉姆合體後產生的精靈。
在巨大洞穴捉到酋雷姆後，獲得酋雷姆的形態轉換道具基因之楔。
在隊伍中存在酋雷姆與捷克羅姆或雷希拉姆的情況下，對酋雷姆使用基因之楔，再選擇捷克羅姆或雷希拉姆，合體出暗黑酋雷姆或焰白酋雷姆。
在隊伍中有空位的情況下，對暗黑酋雷姆或焰白酋雷姆再次使用基因之楔，可以讓合體的兩隻精靈分離。
暗黑酋雷姆合體成功時獲得專用技能冰結電擊，焰白酋雷姆合體成功時獲得專用技能冰冷閃光，分離後技能消失。
基因之楔分別有合體與分離兩個效果，在進行合體或分離後切換，所以同一時間只能存在一隻暗黑酋雷姆或焰白酋雷姆。
在一週目劇情中，勾帕路翁首次在6號路出現，但並未發生戰鬥。
之後勾帕路翁在13號路、代拉基翁在22號路、畢力吉翁在11號路出現，發生戰鬥。
通關之後從菊老大之路前往地底遺蹟。
調查地底遺蹟內室的石像，可以得到提示，在白天與夜晚分別可以看清不同的提示。
白天的提示是：從眼珠開始，向下6、向右●，調查該位置。
夜晚的提示是：從眼珠開始，向右9、向下●，調查該位置。
退回外室，從地上的圓心圖案開始，調查指定位置，開啟機關。
再次進入，調查中央的石像，透過神秘的門進入巖山之間，與雷吉洛克發生戰鬥。
雷吉奇卡斯的實際位置位於螺旋山，可經過菊老大之路前往。需途經螺旋山凍結的岩石，隊伍中攜帶雷吉洛克、雷吉艾斯與雷吉斯奇魯，與雷吉奇卡斯對話可以發生戰鬥。
通關之後，前往夢的遺址，在入口遇到拉帝亞斯白2或拉帝歐斯黑2。
拉帝亞斯或拉帝歐斯在見面之後會向內移動，追趕多次之後發生戰鬥。
如果追趕中途切換地圖，拉帝亞斯或拉帝歐斯會重新回到入口。
捕獲拉帝亞斯或拉帝歐斯後，獲得心之水珠。
通關之後，從20號路南部前往心之空洞，遇到紅豆杉博士。
與紅豆杉博士對話，由克希、艾姆利多、亞克諾姆出現並飛走了。
由克希會在七寶市博物館門前、艾姆利多在天堂之塔頂層、亞克諾姆出現在23號路固定位置出現。
只有靠近指定地點調查，隱身的由克希、艾姆利多或亞克諾姆才會出現併發生戰鬥。
在18號路尋找火山基石。
攜帶火山基石前往反轉山最深處，與席多藍恩發生戰鬥。
在陌生人之屋尋找新月之羽。
通關後，攜帶新月之羽前往奇妙之橋，克雷色利亞出現。
龍捲雲、雷電雲與土地雲只能在口袋妖怪AR搜尋器中捕捉。
帶著口袋妖怪AR搜尋器捕捉的土地雲前往豐饒之社，可以獲得形態轉換道具映照之鏡，使龍捲雲、雷電雲與土地雲在靈獸形態與化身形態之間切換。