中國第一歷史檔案館，臺北中研院歷史語言研究所，臺北故宮博物院。另外，北京圖書館，中國社科院圖書館，北大圖書館，清華圖書館等都儲存有部分。

除了帝國主義搶的以外，唯利是圖的文化商人販賣海外也是文物流失海外主要途徑，目前國內主要是第一檔案博物館，故宮博物院，臺北故宮博物院，清華北大圖書館，中科院清史研究所等機構，當然民間收藏機構和個人也是一個不可小覷的量。

奏摺就是古代官吏向皇帝啟奏事情的文書，清朝時對於奏摺是有固定的保管制度的，臣子報上來的奏摺，皇帝批閱以後都會分存在內閣大庫和方略庫這兩個地方。

而這些奏摺一部分在歷史上損毀，現在大部分被中國第一歷史檔案館和臺北國立故宮博物院兩處收藏，其餘中國國家圖書館、歷史語言研究所也有部分收藏，還有一些則流入民間：

1924年馮玉祥驅逐溥儀出故宮以後，成立了故宮博物院。而內閣大庫和方略庫裡儲存的奏摺，就和其他文獻一起歸故宮博物院下屬的文獻部保管。因為時間久遠，部分奏摺已經黴爛，不過大部分都還能識別。這些奏摺也成為了研究清代歷史最直接的原始資料。

文獻部經過多次改名，現在叫中國第一歷史檔案館，收藏了3564件明代檔案和約1000萬件清代檔案，其中有相當數量的清代奏摺原件，也是目前收集清代奏摺最多的地方。

康熙硃批

國民政府逃到臺灣的時候，把故宮的文物帶走了不少，其中也包括了也一部分奏摺。這些奏摺現在收藏於臺北國立故宮博物院。

據統計，現在臺北故宮博物院的文獻館共有原存內閣大庫和方略庫的奏摺約40萬件。也是目前除了中國第一歷史檔案館外收藏奏摺最多的地方了。

歷代皇帝的硃批

中國國家圖書館、歷史語言研究所等地方也儲存了一些奏摺。這些奏摺有些是為了研究而調過去，有些則是用於向公眾展覽，各處存放的奏摺數量不等。

民國時中國政局混亂，有些奏摺就流散到了民間。其中最大的一出流出事件，是1922年曹錕以廢紙名義，將內閣大庫和方略庫內的檔案賣掉了8000袋，其中也有不少奏摺。

這批檔案後來下落很散，有些被收藏家購買，有些則流失民間，也有不少就此損毀，是清宮檔案損失較大的一次。

劉墉的奏摺

奏摺是研究清代歷史的原始資料，而且其中涉及很多隱秘事件，對於研究清代歷史有著很大的意義，如果大家家裡有的話，可要收藏好，其價值還是很高的。