改革現行機構設定和管理體制
實行國庫集中支付制度，首先要改革財政部門現行的機構設定和現行的財政核算體系，建立國庫支付中心、會計核算中心、政府採購部門有機結合的支付體系，確立預算稽核、資金支付、監督管理為一體的預算機構設定和管理體制。
改進資金管理方式
根據國庫集中支付制度的基本內容和國外經驗,應當建立單一賬戶和分類賬戶相結合的賬戶體系,實現集中資金、集中核算、集中支付。現階段中國應在堅持資金使用權和審批權不變的前提下，取消各預算單位原來的一切賬戶，由國庫集中支付中心在人民銀行開設"國庫單一賬戶"，將所有政府財政資金都存放於該賬戶，並在預算單位需要實際支付時，將資金從國庫單一賬戶直接撥付供應商。在此之前，資金應該始終存放於國庫單一賬戶中。與此對應的是建立國庫分類賬冊管理體系，即在國庫單一賬戶下為每個預算單位都設立支出總賬和分類賬，記錄它們各自的預算執行情況和資金使用情況。政府的財政預算部門每年給預算單位下達預算指標，並審批預算單位提出的用款申請，委託支付中心辦理具體的支付手續。
按照這種資金管理方式，政府財政資金支付都在國庫單一賬戶體系下統一進行，財政預算部門還要在商業銀行開設零餘額賬戶，併為預算單位開設零餘額賬戶，透過零餘額賬戶，對政府財政資金採取財政直接支付和財政授權支付兩種方式支付到商品和勞務供應商。財政直接支付制度是按照部門預算和用款計劃確定的資金用途和用款進度，根據用款單位申請，由財政部門將資金直接支付到商品、勞務供應者或用款單位。財政授權支付是根據部門預算和用款計劃確定的資金用途和用款進度，由預算單位自行開出支付令將資金支付到商品、勞務供應者或用款單位。商業銀行代理支付的財政資金，每日與財政部門開設在華人民銀行的國庫單一賬戶進行清算。
規範資金執行程式
資金管理方式的變革要求資金支付程式也隨之進行改革。按照政府財政資金的用途和性質，可將支出分為大宗購買支出、工資性支出和其他支出三大類，分別採用不同的方式進行支付。[1]
改革現行機構設定和管理體制
實行國庫集中支付制度，首先要改革財政部門現行的機構設定和現行的財政核算體系，建立國庫支付中心、會計核算中心、政府採購部門有機結合的支付體系，確立預算稽核、資金支付、監督管理為一體的預算機構設定和管理體制。
改進資金管理方式
根據國庫集中支付制度的基本內容和國外經驗,應當建立單一賬戶和分類賬戶相結合的賬戶體系,實現集中資金、集中核算、集中支付。現階段中國應在堅持資金使用權和審批權不變的前提下，取消各預算單位原來的一切賬戶，由國庫集中支付中心在人民銀行開設"國庫單一賬戶"，將所有政府財政資金都存放於該賬戶，並在預算單位需要實際支付時，將資金從國庫單一賬戶直接撥付供應商。在此之前，資金應該始終存放於國庫單一賬戶中。與此對應的是建立國庫分類賬冊管理體系，即在國庫單一賬戶下為每個預算單位都設立支出總賬和分類賬，記錄它們各自的預算執行情況和資金使用情況。政府的財政預算部門每年給預算單位下達預算指標，並審批預算單位提出的用款申請，委託支付中心辦理具體的支付手續。
按照這種資金管理方式，政府財政資金支付都在國庫單一賬戶體系下統一進行，財政預算部門還要在商業銀行開設零餘額賬戶，併為預算單位開設零餘額賬戶，透過零餘額賬戶，對政府財政資金採取財政直接支付和財政授權支付兩種方式支付到商品和勞務供應商。財政直接支付制度是按照部門預算和用款計劃確定的資金用途和用款進度，根據用款單位申請，由財政部門將資金直接支付到商品、勞務供應者或用款單位。財政授權支付是根據部門預算和用款計劃確定的資金用途和用款進度，由預算單位自行開出支付令將資金支付到商品、勞務供應者或用款單位。商業銀行代理支付的財政資金，每日與財政部門開設在華人民銀行的國庫單一賬戶進行清算。
規範資金執行程式
資金管理方式的變革要求資金支付程式也隨之進行改革。按照政府財政資金的用途和性質，可將支出分為大宗購買支出、工資性支出和其他支出三大類，分別採用不同的方式進行支付。[1]