《本草綱目》共有52卷，載有藥物1892種，其中載有新藥374種，收集醫方11096個，書中還繪製了1111幅插圖，方劑11096首（其中8000餘首是李時珍自己收集和擬定的），約190萬字，分為16部、60類。

《本草綱目》與以前醫書相比，最大的價值在於五方面：

1、分綱列目

李時珍把每種藥物分列，釋名（確定名稱）、集解（敘述產地）、正誤（更正過去文獻的錯誤）、修治（炮製方法）、氣味、主治、發明（前三項指分析藥物的功能）、附方（收集民間流傳的藥方）等項。

李時珍把植物分為草部、谷部、菜部、果部、本部五部，又把草部分為山草、芳草、溼草、毒草、蔓草、水草、石草、苔草、雜草等九類，這種分綱列目的工具書式查詢功能，是《本草綱目》相比以前的醫書最大的價值。

2、藥物功用的古今變化

書中援引前人理論，結合當世理論，從藥物的性味功用，主治病症，闡釋藥物的古今應用發展。

3、發現新的藥物機制

《本草綱目》密切結合臨床用藥實際，參考李時珍的切身體會，解析藥物的作用機制，發前人之所未發。

4、不同藥物的功效區別

闡釋藥物性狀及功用區別，深入論述藥物與主治，探究藥物效能特點，對於藥物的認識與臨床運用均有啟發。

5、配伍

發明項列舉前人相關藥物配伍的理論，聯絡臨床應用經驗，闡發藥物配伍相須相使相反相成的機理。

有人說，可能李時珍是張仲景的頭號粉絲。《本草綱目》裡有很多進一步闡釋張仲景醫學著作之處。而張仲景的《傷寒論》其實是有許多闡釋不清的地方，經李時珍註釋分析，對推動這方面的醫學理論起了極大的助力作用。