乳酸菌飲料被認為具有改善腸道菌群、促進b族維生素產生和利用、改善胃腸動力等作用，此外，它還是乳糖不耐受、慢性腹瀉患者良好的營養（主要是蛋白質）補充劑。

其提高免疫力、預防癌症、延長壽命的效果也常為商家所宣傳。

但是，近年的循證醫學證據表明，長期服用乳酸菌的人群較一般人群的癌症發病率和生存率無明顯差異，亦有實驗證據表明乳酸菌飲料（如酸奶)中所含的活性菌群在進入腸道前已基本被胃酸所殺滅，幾乎無法起到改善腸道菌群的作用。

因此，乳酸菌飲品的臨床意義還有待進一步研究論證。

就其與其他口服藥物的配伍而言：

1.乳酸菌中所含的大量活性菌群與抗生素合用可能會其拮抗作用，降低彼此的治療效果，因此，服用腸道抗生素期間應避免飲用乳酸菌飲品；

2.為改善口感，乳酸菌飲料一般會新增大量的糖類（不包括木糖醇等甜味劑），這對於糖尿病、接受胰島素或口服降糖藥治療的患者是不利的；

3.乳酸菌飲品為酸性物質，與鹼性藥物（如碳酸氫鈉、硫糖鋁、氫氧化鋁等）合用可降低其療效；

4.乳酸菌飲料中所含的膳食纖維以及分解產生的高滲物質會促進胃腸蠕動及大便形成，進而影響一些藥物在腸道的吸收和利用。

因此，服藥期間，應當避免用任何飲品促吞服，同時服用乳酸菌藥物時，應諮詢醫師或藥師。