能進行有性生殖，草履蟲的有性生殖與多細胞動物(甚至高等動物)的有性生殖本質上相似，即都是透過受精作用實現基因的重新組合，再經發育，建成下一代新個體的過程。草履蟲受精後核胚基和皮層胞器的發育相當於多細胞動物的胚胎髮育，不同的是多細胞動物受精後發育成體細胞與種細胞合一的動物體，而草履蟲受精後發育成體核與種核合一的新的單細胞。正因草履蟲是單細胞，它的受精和受精後發育都只能在親體的細胞領地上進行，或者說，草履蟲的有性生殖只能是在親體的細胞上建造子體細胞，也就是說，草履蟲是以親體的死亡換取子體的新生，因此它沒有像多細胞動物那樣親子兩代可以並存的現象。 正由於草履蟲的兩代細胞在同一細胞領地上更替，才使得一些模糊概念得以產生，一是“草履蟲可以透過接合返老還童”。“返老還童”通常是指同一個個體由於某種外在因素的作用，由原來已老化轉變為年青化。事實上接合生殖起的不是返老還童作用，而是“老死童生”的作用。另一錯誤概念是“草履蟲可以不死”。事實上草履蟲的無性系遲早必死，即使得到接合生殖機會或發生自配，表面上看似乎蟲體是延續未死，實質上代表親體的老大核和老胞器已死，有性過程之後的草履蟲已是新生兒。只有小核是不死的，但它也必須經過減數分裂和二倍基因組的重新組合，再經胚核的重新發育才能成為不死的小核。